（三）被检查单位准备资料。被检查单位根据监督检查工作的有关要求准备相关资料，主要包括自查报告、项目任务书、项目预算书、购置资产清单、相关账簿、会计凭证以及需要填报的财务报表等。
（四）现场检查。检查组或受委托单位根据需要对被检查单位进行现场检查，调查了解单位的规章制度建立情况和经费开支情况，收集有关资料和会计凭证，并就检查结果与被检查单位进行沟通和交流。
（五）出具监督检查报告。检查组或受委托单位对调查中取得的素材和资料进行归类、汇总和分析确认，按要求出具监督检查报告报送科技部。
（六）监督检查结果处理。科技部针对监督检查中发现的问题，按照相关制度规定，下达监督检查意见书。被检查单位应在监督检查意见书的规定时限内整改执行完毕，并将执行结果书面报告科技部。对监督检查意见书中认定问题有异议的，可以申请重新核查确认。
第十二条 充分发挥专家和中介机构对监督工作的咨询作用，建立对专家和中介机构的遴选、考核和评价制度。专家和中介机构在现场检查过程中，有责任就科技经费管理政策法规向被检查单位进行解释说明。在选择专家和会计师事务所的过程中，应坚持以下原则和要求：
（一）对专家的选择应坚持客观、公正和回避的原则，紧密围绕项目所属领域和自身特点选择专家，根据监督工作需要，检查专家可包括财务、技术、经济以及国际合作专家等。专家应了解被检查项目的基本情况，在检查过程中能够客观、公正的发表意见，并对通过检查获得的项目技术和财务情况保守秘密。
（二）对会计师事务所的选择应坚持公开、竞争和择优的原则。会计师事务所应当秉持第三方的独立原则开展审计工作，审计人员应熟悉国家财经法规和科技经费管理各项规定，客观、公正地发表审计意见。
第十三条 建立健全经费监督管理信息数据库，纳入全国统一的科研项目数据库，全面记录科技经费监督计划、组织实施情况、监督检查结果、以及整改落实情况等。积极推进信用记录制度，根据监督检查结果对承担单位和相关人员在经费管理方面的信用进行评价和记录，并作为今后申请科技经费的重要依据。
第四章 处罚措施
第十四条 对监督检查中发现的违规违纪行为，根据情节轻重予以处理，并记录相关单位和当事人的信用，通过适当的方式向社会公告。
第十五条 承担单位在科技经费内部管理制度和会计核算方面有下述行为之一的，将视情节轻重限期整改、停拨经费、通报批评、不通过财务验收直至一定时限内取消其项目申报资格。
