（一）财务报告。承担单位按照相关制度的规定和具体要求，定期或不定期的向科技部报告项目预算执行情况和重大财务事项。科技部对财务报告进行合规性审查。
（二）巡视检查。科技部定期派出巡视组，对使用科技经费数额较大的单位进行制度化的督促检查。通过听取汇报、召开座谈会、资料查验等多种方式，全面检查承担单位及其负责人在贯彻国家科技经费管理制度、建立内部管理机制、执行科技经费预算等方面的情况。
（三）专项审计。科技部或其委托的单位，不定期的对科技经费使用的合法性、合规性和合理性，以及财务收支信息的真实性和完整性等进行的专项检查和评价。
（四）财务验收。科技部或其委托的单位在项目验收期间，对项目预算执行情况、经费使用情况和财务决算报告等进行专门审核与评价。财务验收是项目验收的重要组成部分，未通过财务验收的项目不得通过项目验收。
（五）绩效评价。科技部运用一定的考核方法、量化指标及评价标准，对项目的实施过程及其完成结果进行综合性考核与评价。具体组织实施按照
财政部《中央级教科文部门项目绩效考评管理办法》（财教[2005]149号）和科技部的有关规定执行。绩效评价的结果将作为单位和个人今后申请立项及预算的重要参考依据。
（六）受理举报。科技部根据举报，对相关单位或个人科技经费管理、使用中的问题组织开展专项调查处理工作。
第三章 组织实施
第九条 科技经费监督工作可以采用科技部直接组织检查组，委托主管部门、地方科技行政管理部门或委托会计师事务所等社会中介机构等多种方式进行。委托主管部门和地方科技行政管理部门开展的监督工作，可以采用跨部门监督、属地监督或异地交叉监督等形式进行。
第十条 委托开展的科技经费监督工作，需要履行规范的委托程序和手续。接受委托的部门和单位在具体的监督工作实施中，承担委托人赋予的监督责任。
第十一条 科技经费监督工作按照以下程序组织实施：
（一）制定监督计划。科技部根据管理工作需要，制定科技经费年度监督计划，确定年度监督的重点和内容，部署开展监督工作。
（二）通知被检查单位。科技部根据年度监督计划，遴选确定开展监督检查的单位和项目，并书面通知被检查单位。
