协办单位因特殊原因不能在协查期限内办理的，应及时向主办单位说明，共同协商办理时限，并将协商结果报共同的上一级渔业行政执法机构备案。
第十一条 主办单位发函后在要求的时限内未收到协办单位反馈信息的，除向协办单位查询外，还可向共同的上一级渔业行政执法机构反映，由其共同的上一级渔业行政执法机构负责督办。在协查过程中，协办单位与主办单位发生分歧协商不成时，由其共同的上一级渔业行政执法机构协调。
第十二条 协作办案的案件结案后，主办单位应以适当方式向协办单位和共同的上一级渔业行政执法机构通报结果。
第十三条 协作办案的案件未结案前，有关渔业管理机构应暂停办理涉案渔业船舶和当事人渔业管理证书的换发、年审、项目申报等工作。
第十四条 各海区渔政渔港监督管理局和各级渔业行政主管部门应为其所属的渔业行政执法机构开展渔业行政执法协作办案工作提供必要的条件。
第十五条 各级渔业行政主管部门应对积极开展渔业行政执法协作办案工作并取得显著成效的主办单位、协办单位及个人，以适当方式予以表扬，对开展协作办案工作组织领导不力、不配合或消极应对，以及不按本制度开展工作的单位和个人，以适当方式予以批评，造成严重后果的，应依法追究相关单位和个人的责任。
第十六条 每年1月底前，沿海各省（区、市）渔业行政主管部门要将上一年度的渔业行政执法协作办案工作开展情况总结报所在海区渔政渔港监督管理局，海区渔政渔港监督管理局汇总后报农业部渔政指挥中心。
每年1月底前，黄河、长江、珠江流域各省（区、市）渔业行政主管部门要将上一年度的内陆渔业行政执法协作办案工作开展情况总结报所在流域渔业资源管理委员会办公室，流域渔业资源管理委员会办公室汇总后报农业部渔政指挥中心。黄河、长江、珠江流域以外的内陆各省（区、市）的渔业行政执法协作办案工作开展情况总结直接报农业部渔政指挥中心。
第十七条 本制度由中华人民共和国渔政渔港监督管理局负责解释。
