水污染严重，全国水环境状况依然严峻。2005年，全国污水排放总量717亿吨，水质Ⅳ类和劣于Ⅳ类的河长占总评价河长的39%；全国七大水系的411个地表水监测断面中，Ⅳ－Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的断面比例为59%。北方地区河流水体污染严重，太湖、滇池和巢湖等湖泊水质较差；东部地区局部河网水污染严重，水质型缺水问题日益突出。在部分流域和地区，水污染已呈现出从支流向干流延伸、从城市向农村蔓延、从地表向地下渗透、从陆域向海域发展的趋势。全国以城市和农村井灌区为中心形成的地下水超采区数量已从上世纪80年代初的56个发展到目前的164个，超采区面积从8.7万平方公里扩大到18万平方公里，已引起地面下沉、矿化度增高、海水倒灌等严重生态问题。
总体防洪能力偏低，洪涝灾害损失严重。大江大河综合防洪体系还不完善，蓄滞洪区建设严重滞后，部分大江大河重要支流防洪能力偏低，主要易涝地区排涝能力严重不足，对山洪灾害缺乏有效的监测和防御措施，洪水管理尚待加强。汛期山丘区、沿海风暴潮地区人员伤亡多。每到汛期，大部分地区都有防洪任务，相当一部分人口和财产集中地区、工农业生产基地受到洪水的威胁。根据统计分析，“十五”期间，全国年均洪涝灾害损失约1000亿元，约占同期全国GDP的0.71%，发生流域性大洪水的年份，洪涝灾害损失占同期全国GDP比例超过1%。
水土流失和生态恶化趋势尚未得到有效遏制。目前全国水土流失面积为356万平方公里，占国土面积37%，每年流失的土壤总量达50亿吨，人为水土流失加剧的趋势尚未得到有效遏制。严重的水土流失，导致土地贫瘠、生态恶化、河湖淤积，加剧了江河下游地区的洪涝灾害，防洪、供水、发电、航运等能力下降。一些地区水资源不合理开发，造成河流断流，湖泊干涸，湿地萎缩，绿洲消失，地下水位下降，对生态环境造成一系列严重影响。
现有水利基础设施老化失修，存在严重安全隐患。目前全国病险水库约有3万多座，占水库总数的近40%；一些河流堤防标准低，质量差，存在严重的防洪隐患。农田水利设施仍很不完善，402处大型灌区的骨干建筑物损坏率近40%，1505处重点中型灌区干支渠道及其建筑物损坏率分别为51%和50%；大型排灌泵站老化破损率达75%左右。
水资源可持续利用的体制和机制不完善。权威、协调、高效的水资源管理体制尚未完全形成，规划、政策、制度等社会管理事务仍待加强；经济社会发展布局与水资源分布不相匹配，一些水资源短缺的流域，上游过度开发，严重影响了下游的生产生活用水和生态环境。洪水管理工程体系和制度还不健全，防洪减灾社会化保障体系亟待完善，一些地区经济活动侵占河道和妨碍河道行洪的现象还时有发生；一些城乡建设和产业布局，尚未建立规避洪水风险的机制，造成洪水损失较大。资源使用权益不够明晰，既造成对水资源开发利用上的无序竞争，也使得水资源保护缺乏责任主体；水功能区划保护政策和措施尚未落实。在应对重大水利突发事件方面，相应的预案和对策尚需不断完善。水库移民政策法规的落实工作尚待加强，移民管理体制尚待理顺，水库移民中存在的一些遗留问题需要妥善解决。水利改革相对滞后，市场在水资源配置中的基础性作用还需进一步加强；一些水利工程存在“重建设轻管理”、“重工程轻移民”、“重规模轻效益”、“重骨干轻配套”、“重经济轻生态”等问题，以及水管体制不顺、机制不活、维护管理经费不足等现象，严重影响了水利基础设施的安全维护和良性运行。
水利投入尚缺乏多层次的稳定增长机制。近年来，国债减发、中央水利投资大幅减少，南水北调工程、治淮工程、塔里木河流域综合治理等一些已经开工并以中央投资为主的工程，存在很大的资金缺口；地方水利投入也严重不足，部分已经开工的工程由于资金缺口问题，难以按照合理工期施工。农村税费改革后逐步取消“两工”，农民群众的投工投劳数量大幅减少，有些需要农民投入建设的农田水利工程，往往“事难议，议难成，成难办”，亟需建立和完善农田水利建设新机制。另一方面，由于水利工程移民占地补偿资金增加、工程建设造价提高等因素，水利工程建设成本提高，造成水利建设资金缺口进一步加大。
二、水利发展和改革的指导思想、基本原则和总体思路
（一） 指导思想
按照科学发展观和构建社会主义和谐社会的要求，进一步完善水利发展思路，加强水利建设和管理。增加投入，深化改革，科学治水、依法治水，兴利除害并重，防汛抗旱结合，把解决好关系群众切身利益的水问题放在更加优先的位置，把解决好干旱缺水和水污染防治问题摆到更加突出的位置，增强防灾减灾能力，强化水资源的节约与保护，提高防洪、供水和生态安全保障程度，以水资源和水利工程的可持续利用，促进经济社会又好又快发展。
（二） 基本原则
--坚持人与自然和谐。尊重自然规律和经济规律，按照人口、资源、环境与经济社会协调发展的要求，根据水资源和水环境承载能力，合理开发利用水资源，促进调整优化经济社会发展布局，妥善处理与防洪减灾、水资源开发利用和生态环境保护的关系。
--坚持资源节约和保护。坚持走资源节约、环境友好的可持续发展之路，继续把水资源的有效保护和节约利用放在突出位置，坚持节水为主，治污优先，多渠道开源，全面推进节水型社会建设，转变粗放式的水资源开发利用方式，大力发展循环经济，提高水资源利用效率和效益。 --坚持以改革促进发展。改革和创新水利发展与管理机制，切实转变政府职能，加强社会管理和公共服务，改革体制机制，克服水利发展中的体制性障碍，健全法制，依法治水，提高科学化、民主化程度，全面增强水利服务于经济社会可持续发展的能力。
--坚持全面统筹协调。水利发展要兴利除害结合，开源节流并重，防洪抗旱并举。统筹考虑不同流域、区域和城乡经济社会发展的特点和需求；统筹兼顾上下游、干支流、左右岸，水资源开发、利用、节约、保护和防洪排涝等关系，促进区域和城乡协调发展，建立公平合理、利益共享、良性互动的水利发展格局。
--坚持量力而行、突出重点。根据国家公共财政状况和投资政策，合理确定水利建设规模和投资规模，优化配置水利建设资金，有所为有所不为，保续建保投产。坚持以人为本，配合新农村建设，优先解决涉及群众切身利益的水利保障问题。切实搞好关系国家全局的供水安全、防洪安全、粮食安全、生态安全等方面的重要工程。
--坚持建管并重、注重效益。坚持扩大能力与巩固提高相结合，注重现有工程挖潜改造，在搞好工程建设的同时，高度重视工程的运行管理，确保工程良性运行，实现水利工程社会效益、经济效益和生态效益的统一。
（三） 总体思路
合理开发利用水资源。根据水资源承载能力调整经济结构和优化生产力布局，统筹协调生活、生产和生态用水，优先保障城乡居民生活用水。合理规划和建设水资源调配工程，搞好流域和区域水资源优化配置，提高对水资源在时间和空间上的调控能力。全面建设节水型社会，不断提高用水效率和效益。
加强防洪减灾能力建设。按照人与自然和谐的理念，给洪水以出路，防治洪水与规避洪水风险相结合，科学合理地安排河道整治、堤防加固、湖泊治理、控制性枢纽和蓄滞洪区建设，合理调节和利用洪水；建立洪水管理制度，避免经济建设、城市建设盲目向洪水高风险地区发展，努力实现由控制洪水向管理洪水转变。
加大农村水利基础设施建设力度。大力发展节水灌溉，健全和完善农田灌排体系，保护和提高农业特别是粮食综合生产能力。探索建立新时期农田水利建设新机制，在不断加大政府投入的同时，调动广大农民自觉开展农田水利基本建设的积极性。在保护生态的基础上有序开发小水电资源。
加快水资源保护和水污染防治步伐。严格保护地表和地下水资源，进一步强化环境监管，加快推进重点流域水污染防治进程，加强污水处理和再利用，扭转水环境恶化趋势，维护河流健康。以预防保护为主，加强有效监督，充分依靠生态自我修复能力，采取综合措施，国家投入与政策引导相结合，加强对重点水土流失地区和生态脆弱地区的综合治理，保护水土资源和生态环境。
