各地税务机关应加强对承包人、承租人和挂靠人的管理。实行承包、承租、挂靠方式提供货物运输劳务的代开票纳税人，只有符合国税发〔2003〕121号文件附件《
货物运输业营业税征收管理试行办法》第
三条规定的条件时，方可使用出包方、出租方或被挂靠方的单位名称和纳税人识别号开具货运发票。对不同时具备《
货物运输业营业税征收管理试行办法》第
三条规定条件的承包人、承租人和挂靠人，要开展一次全面清查，对于应办理税务登记的，必须依法办理税务登记。
四、加强货运业自开票纳税人营业税申报的审核工作
自开票纳税人在办理营业税纳税申报时，必须同时提交申报表、税控盘等规定资料。税务机关要严格按照《国家税务总局关于全国范围内推行公路、内河货运发票税控系统有关工作的通知》（国税发〔2006〕163号）附件《公路、内河货运业发票税控系统营业税“票表比对”及货运发票稽核比对管理操作规程（试行）》（简称《规程》）的有关规定，对申报进行审核。审核时工作人员要首先读取其报送的税控盘（或税控传输盘）开票信息，与其营业税申报表填报的相关内容进行比对，即“票表比对”。对“票表比对”相符的，受理其纳税申报并对税控盘返写监控数据。地税局在计征营业税以后，将发票信息传递给国税局。“票表比对”不符的，按照《规程》第三章的有关规定进行处理。
五、加强货运业自开票纳税人企业所得税征收管理
税务机关要定期开展自开票纳税人的所得税纳税评估，要注意运用税控机具记录的纳税人开具货运发票的数额，对营业税和企业所得税统筹分析，评估其应纳税所得额，并与其申报的企业所得税应税收入进行比对，保证纳税人的开票收入均已计入其应税收入，防止企业所得税流失。
六、 严格货运业自开票纳税人领购发票管理
自开票纳税人在购领发票时，税务机关必须严格按照“验旧售新”，也即先缴税后购票的要求发售发票。
