根据
《物权法》的规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，除法律另有规定外，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力。海域使用权作为重要的用益物权，应当按照《
海域使用管理法》和《
海域使用权登记办法》的规定进行登记。海域使用权登记是指依法对海域的权属、面积、用途、位置、使用期限等情况以及海域使用权派生的他项权利（指出租、抵押海域使用权形成的承租权和抵押权）所作的登记，包括海域使用权初始登记、变更登记和注销登记。在登记过程中，对海域使用权属争议尚未解决、违法行为尚未处理或正在处理、依法查封用海设施构筑物而限制海域使用权等情形，应当暂缓登记，待有关问题协商解决后再登记。对于登记过程中形成的资料，包括海域使用权登记册和原始登记资料，应当永久保存。各地区要对已经出让的海域使用权进行一次登记核查工作，凡未按规定进行登记的项目用海，要依据海域使用权出让过程中的原始材料及变更情况，进行初始登记或变更登记。对于县级以上人民政府依法收回海域使用权、海域使用权期限届满未申请续期或者续期申请未获批准的、填海造地项目已竣工验收并办理相关手续、海域使用权人放弃海域使用权的、海域使用权人死亡且无人继承的等情况，各级海洋行政主管部门要及时办理注销登记。
六、加强海域使用金征收管理，坚决制止各类搭车收费行为
根据
《物权法》和《
海域使用管理法》的规定，国家是海域的所有者，而海域使用者则是成分多样的单位和个人，只有实行海域有偿使用制度，对海域使用权引入市场机制，才有利于国家海域所有权在经济上得到实现，才能实现国有海域资源性资产的保值和增值。通过实行海域有偿使用制度，也能促使海域使用权人，充分考虑投入产出比，避免盲目圈占海域，有效遏制因海域无偿使用引发的开发无度、利用无序的混乱状况，实现国有海域资源的合理配置和最佳利用。各级海洋行政主管部门要按照《财政部、
国家海洋局关于加强海域使用金征收管理的通知》（财综[2007]10号）的规定和公布的海域使用金征收标准，确保海域使用金应收尽收，用海单位和个人不按规定足额缴纳海域使用金并提供有效缴款凭证的，海洋行政主管部门一律不予核发海域使用权证书。要按照国家海洋局发布的《海域使用管理百县示范活动实施意见》要求，加强养殖用海海域使用金的征收管理，不得随意减免。对于渔民（指以捕捞或者养殖为家庭生产经营主业、陆上无承包土地、户籍所在地为沿海渔业村的居民）使用海域从事养殖活动的，应当按照国务院的有关规定执行。在对养殖用海征收海域使用金的同时，要坚决防止以征收海域使用金为名义搭车收费等违法行为，特别是要坚决制止一些地区向养殖用海者征收渔业资源增殖保护费等违法行为，已经征收的要立即停止征收。
