（一）资金归垫申请程序。基层预算单位收到已垫付资金项目的财政授权支付用款额度或财政直接支付用款计划后，可提出资金归垫申请。
1．以财政授权支付方式进行资金归垫的，基层预算单位应将资金归垫申请，以及相关合同、发票、银行结算证明、记录垫付事项发生费用账薄复印件等垫付事项证明材料逐级上报，并由一级预算单位审核确认后报财政部（国库司）。
2．以财政直接支付方式进行资金归垫的，基层预算单位应将资金归垫申请，以及相关合同、发票、银行结算证明、记录垫付事项发生费用账簿复印件等垫付事项证明材料，连同财政直接支付申请书，按照财政直接支付的有关程序上报，并由一级预算单位审核确认后随同财政直接支付汇总申请书报财政部（国库司）。
（二）资金归垫审核批复程序。
1．以财政授权支付方式进行资金归垫的，财政部（国库司）收到归垫申请和相关材料后，3个工作日（特殊事项不超过5个工作日）内书面批复一级预算单位。一级预算单位接到财政部（国库司）批复文件后，应及时向基层预算单位予以转发，基层预算单位持财政部批复文件到代理银行办理资金归垫业务。
2．以财政直接支付方式进行资金归垫的，财政部（国库司）收到归垫申请、相关材料、财政直接支付申请书和财政直接支付汇总申请书后，2个工作日内通知代理银行进行资金支付。
3．对于情况比较复杂，以及需要现场核实相关原始凭证和资料的垫付事项，财政部（国库司）可委托基层预算单位所在省（自治区、直辖市、计划单列市）财政监察专员办事处（以下简称财政专员办）进行核实，并根据财政专员办核实情况办理批复。
财政专员办收到归垫申请材料3个工作日（特殊事项不超过5个工作日）内完成核实工作。财政专员办对归垫申请事项进行核实时，基层预算单位应提供相关原始凭证和证明垫付事项真实性的相关材料。财政部（国库司）收到财政专员办上报的核查材料后，3个工作日内书面批复一级预算单位或通知代理银行进行资金支付。
四、加强对归垫资金的监督管理
（一）财政部（国库司）和财政专员办要加强对中央预算单位资金归垫的监督管理，发现预算单位有虚列开支、伪造合同、编造借款事项等骗取资金归垫的情形，除责令退回已归垫资金外，还将按照有关法律法规对相关单位和责任人作出处理。
（二）代理银行要按规定准确、及时地办理预算单位支付业务，对于预算单位从零余额账户向本单位实有资金账户归垫资金的情况，代理银行要严格按照财政部关于资金归垫的相关批复文件办理。
