--中医药现代产业基础不强。总体来看，缺乏优质高效的产品，研发和创新能力薄弱。中药产业链尚有待完善，中药农业刚刚起步，中药资源的可持续发展与合理利用及相关生态环境问题尚未得到有效解决；中药工业生产工艺和工程化技术落后，生产效率和综合利用能力相对低下，缺乏标准化的专用制药工业装备；中药商业流通方式亟待改造。中药出口以原料为主和依赖老品种的局面没有明显改观，中药产品在发达国家进行药品注册尚未取得实质性突破，而“洋中药”返销进口有增长趋势。
--中医药现代科学基础薄弱。中医以整体、动态和辨证的思维方式认识生命与疾病的复杂现象，但用传统概念表达的中医药理论的科学内涵难以被现代社会普遍理解和接受；复方中药的物质基础和作用机理等现代研究一直没有突破；适合自身特点的研究、评价方法和标准规范体系尚未建立，适应时代要求的自主创新体系尚未形成，制约了中医药现代化、国际化进程。而西方国家利用其技术和资金优势，已经开始运用新的理论和方法研究中医药，这无疑是一个挑战。
4．机遇
--中药现代化为中医药整体发展打下了良好基础。十年前国家提出的中药现代化发展战略，经过广泛探索和实践积累了很好的经验，为充分利用现代科学技术成果，推动中医药整体发展开创了良好局面。在此基础上通过整体规划，有效集成国内外资源，开展中医药的知识创新和技术创新，有可能突破中医药传承与创新发展中的关键问题，从而使人类认识生命和疾病过程的方法和手段从整体和综合的角度得到充实和完善，进而走出中国特色的医药自主创新之路。
--医学模式的转变为中医药充分发挥作用创造了有利条件。“生物-社会-心理-环境”医学模式的建立，改变了西方生物医学模式只重视“病”而忽视“人”的问题。以人为本，人与自然和谐共存的科学发展观，以及疾病防治战略的“前移”和重点的“下移”，为中医药发挥整体观、辨证观、个体化思想，对疾病、亚健康状态进行防治和综合调理，在延长生命的同时提高生存质量的优势创造了机会。
--现代科技发展为中医药传承创新提供了有力支撑。随着科学技术的迅速发展，新理论、新技术、新方法不断产生。21世纪以生命科学、生物技术、信息科学、电子科学、材料科学、复杂科学和系统科学为前沿的世界科学技术迅猛发展，自然科学与人文科学间相互交叉、渗透、融合，新兴学科不断产生，不断增长的知识、大量的数据库、分析工具和技术，为证实和阐明中医药理论的科学内涵及关键问题的解决提供了新的方法和可能，为中医药的跨越式发展提供了可能。
二、指导思想、基本原则和战略目标
1．指导思想
坚持以人为本、为人类健康服务的根本宗旨，按照“自主创新，重点跨越，支撑发展，引领未来”的新时期科技工作方针，在继承发扬中医药优势特色的基础上，充分利用现代科学技术，努力证实、阐明中医药的科学内涵，通过技术创新提高中医医疗服务能力和中药产业技术水平，通过知识创新丰富和完善中医药理论体系和医疗保健模式，加快中医药现代化和国际化进程，全面提高我国的医疗保健和重大疾病防治水平，不断满足广大民众的社会需求，确立我国在传统医药领域的优势地位，提高中医药的国际化能力和国际市场份额，为人类健康做出更大贡献。
