在乡镇、村（居）民委员会两级，重点核查其组织体系和工作情况，调取存档的原始登记资料，与县级政府存档资料比较，核实其一致性。
在村（居）民组，核查组应入户核实各类损失。
第十五条 根据实际情况，一般在蓄滞洪区内选取20%左右的乡镇，每个乡镇选取15%左右的村（居）民组，每个村（居）民组选取10%左右的住户进行核查。
选取核查对象时要考虑多种因素，注意涵盖各种损失类型，不得在入户核查前将选取的核查住户名单对外泄漏。
第十六条 在现场核查时应注意向居民了解补偿登记工作过程、张榜公布情况以及居民对各级政府补偿工作评价。
第十七条 完成入户调查后，核查组应进行各组数据比较，判断各级上报数据的真实性。如有误差，应分析、判断产生误差的原因。
第十八条 流域管理机构一般应在收到省级人民政府或者其授权的主管部门核查报告后15个工作日内完成核查工作，并及时与省级人民政府或者其授权的主管部门交换初步核查意见。初步核查意见应包括对运用补偿方案的评价、存在问题及处理建议等主要内容。
第十九条 省级人民政府或者其授权的主管部门应根据核查组的初步核查意见，修改和完善补偿方案。流域管理机构在收到补偿方案后一般应在5个工作日内向省级人民政府或者其授权的主管部门提出核查意见，同时抄送水利部。
核查意见应包括流域管理机构的核查过程、对运用补偿方案的评价、结论及建议等内容。
第四章 保障措施
第二十条 蓄滞洪区所在地各级人民政府应积极配合流域管理机构的核查工作，及时提供蓄滞洪区行政区划图、经省级防汛抗旱指挥部认可的蓄滞洪区淹没图、各类损失计价指标以及各县（区）前三年统计年鉴等核查所需资料，并保证其所提供资料的真实、准确。
第二十一条 流域管理机构应当加强对所辖区域内补偿资金发放情况的监督，必要时应当会同省级人民政府或者其授权的主管部门进行调查，并及时将补偿资金总的发放情况上报国务院财政主管部门和国务院水行政主管部门，同时抄送省级人民政府。
