在教科文卫体方面：九三学社中央、致公党中央和部分委员就提高科技创新能力提出了五十余件提案，科技部在制定相关规划、政策时认真吸纳，积极推进以企业为主体的技术创新体系建设。结合加强科研教育经费监管的提案，教育部加强了科研项目经费决算审查工作，进一步规范了科研项目申请书。民进中央提出的落实农村义务教育投入保障新机制的提案，财政部在制定相关政策时积极吸纳。结合加强农村文化设施建设的提案，文化部会同有关部门研究提出了具体项目措施。结合整治虚假违法广告的提案，工商总局加大了专项整治力度，并联合广电总局下发了《
关于整顿广播电视医疗资讯服务和电视购物节目内容的通知》。结合人文奥运进校园的提案，北京奥组委会同教育部制定并实施了《“北京2008”中小学生奥林匹克教育计划》，教育部面向高校启动了“奥运文化进校园”活动。
在政治、法律、社会保障等方面：关于构建“问责”体系的提案，中央纪委、国务院法制办在起草相应规定、条例时给予了充分重视。结合改善珠三角地区治安状况的提案，广东省政府重点开展了多种专项打击活动，取得了明显成效。针对提案反映的人民法院判决执行难问题，最高人民法院联合有关部门下发通知，进一步促进问题的解决。针对提案反映的维护农民工合法权益问题，全国总工会成立了相应的工作领导机构和工作机构，推进了相关工作。关于将贵州汞矿下岗失业人员纳入新型农村合作医疗管理范畴的建议，贵州省政府作为特殊情况，个案办理，使近九千名下岗职工参加了新型农村合作医疗。关于改善全国性宗教团体办公场所和宗教院校校舍的提案，国家宗教事务局认真办理，经过多方面努力，启动了相关项目建设工程。
从提案办理工作的整体情况来看，已经解决或采纳的占16.44％，列入计划拟解决或采纳的占68.76％。对一些未被采纳的提案，承办单位也及时向提案者作了说明。2006年度的提案办理工作呈现出三个特点：
一是加强了与提案者的沟通协商。如，国防科工委、国家安全生产监管总局、北京市政府、河北省政府等通过多种形式，与提案者普遍进行沟通联系，共商解决办法。建设部在政协十届四次会议闭幕当天，邀请有关提案者进行座谈，进一步听取意见。财政部在如实答复港澳委员建议国家开发银行香港代表处转变机构性质的提案后，认真听取提案者的反馈意见，再次对提案进行了答复。
