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3.知识创新工程。
建设若干高水平的科研机构和研究型大学。发挥科研机构和大学的创新源头作用，加强科研机构和大学的基础研究和高新技术研究设施建设，促进科研机构和大学的联合，形成一批具有国际影响的科学研究基地。发挥大学和科研机构在培养优秀创新人才方面的作用，将自主创新基础设施建设与高层次创新人才培养相结合，构筑高水平人才培养基地。
全面推进中科院知识创新三期工程。以提高解决我国经济社会发展的重大科技问题的能力，提高为落实科学发展观提供知识基础和技术支撑的能力，提高保障国家安全、应对世界新军事变革的能力为目标，发挥多学科综合优势并进行系统集成创新，进一步推进新兴、交叉学科等的形成，建立有利于人才脱颖而出、合理流动、人尽其才的机制与环境。面向基础研究，建设依托大科学装置的综合研究基地。面向战略高技术开发，建设信息、空间、先进能源、先进制造与新材料等科技创新基地。面向经济社会可持续发展相关研究，建设人口健康与医药、先进工业生物技术、现代农业科技、生态与环境科技、资源与海洋科技等科技创新基地。
实施高校科技创新工程，加强高校自主创新基础能力建设。强化科技创新与高等教育的紧密互动与结合。发挥高校在学科齐全、人才密集、学术思想活跃以及科学研究与人才培养紧密结合等方面的优势，实施学科交叉、综合集成战略，建设若干跨高校的科学研究中心，促进高校间的优势集成，强化高校创新基地的综合性、交叉性，提高国际化水平。组建一批科研设施精良、创新人才汇聚、学术氛围宽松的综合性、开放式、国际化的大型原始性科技创新基地。注意发挥行业、地方等高校的特色和优势，进一步促进产学研结合。实施拔尖创新人才引进和培养计划，完善人才培养设施，构建定位明确、层次清晰、衔接紧密、促进优秀创新人才可持续发展的培养和支持体系。
4.技术创新工程。
建立产业自主创新的基础支撑平台。以建设企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系为目标，以提高自主创新能力为主线，围绕《科技规划纲要》确定的重点任务和重大科技专项，在加快高技术产业发展、节约资源能源及提高开发利用效率、促进农业产业结构调整升级和提升装备制造业核心竞争力四个重点领域，从产业技术原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新三个层面，加强技术创新设施建设，实施技术创新引导工程。新建一批国家工程实验室，提升我国产业技术原始创新能力；新建和完善一批国家工程研究中心，提升我国战略产业和主导产业技术集成创新能力；支持建设和加强一批企业技术中心，提升企业自主研发和引进技术的消化吸收再创新能力。
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