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当前，我国自主创新基础能力建设还存在一些亟待解决的问题。主要表现在：国家自主创新支撑体系的统筹规划和科学布局有待加强；科学、健全、高效的建设、运行、管理机制急需完善，公共科技设施的开放共享和产业研发设施建设中如何充分发挥市场机制的作用问题有待进一步解决；产业共性技术供给能力相对薄弱，企业的自主创新能力仍显不足，企业创新主体的作用有待进一步发挥。面对国际竞争更加激烈、科技发展日新月异的形势和经济、社会发展与国防建设的迫切需求，总体上看，我国自主创新基础能力建设还不适应建设创新型国家的要求，不适应把握新一轮科技革命及其引发的产业革命机遇的要求，不适应日趋激烈的国际竞争的要求。
新世纪新阶段，我国自主创新基础能力建设面临着发展机遇和竞争挑战并存的形势。
一是各国政府普遍重视创新能力建设和有效利用。当今发达国家和新兴工业化国家都将创新能力建设放在极其重要的地位，突出创新能力建设的国家目标，加大投入强度，在国家战略和相关规划、政策中予以高度关注、重点倾斜。同时，通过改革完善投入机制，加强顶层设计和统筹规划，不断提高公共科技设施的利用效率和科技成果产业化运用的成功率。
二是科学技术迅猛发展对创新能力建设提出新的要求。当今世界，学科分化与交叉融合加快，科学发现、技术发明以及重大集成创新呈现群体突破态势，科学发现到技术发明创新和产业化运用的时间周期越来越短，并且日益依赖重大科技设施。这些都对自主创新基础能力建设的布局、周期、水平提出了新的更高要求。
三是全球化对我国自主创新基础能力建设带来新的机遇和挑战。经济全球化加速了创新要素跨国流动和国际产业结构调整以及我国经济融入世界经济的进程，使我们可以更好地利用全球科技资源促进我国自主创新能力的提升。同时，创新能力日益成为国际竞争的焦点，原本就具有科技优势的发达国家更加强化知识产权保护，极力维护其技术垄断地位，如何有效保护本国利益、保护本国产业安全和提升科技自主创新能力，也成为各国特别是发展中国家必须面对的挑战。
四是我国所处的发展阶段决定了必须大力加强自主创新基础能力建设。由于多年来粗放式的经济高速增长和产业结构水平低下，我国经济社会发展长期面临的人口、资源、环境等约束因素已经凸显出来，只有加强自主创新基础能力建设，才能为经济增长提供新动力，才能为产业结构优化升级提供持久有力的技术支撑，才能真正实现增长方式的根本性转变，将科学发展观落到实处，才能在日趋激烈的国际竞争中赢得主动，有效地保障国家经济和国防安全，顺利实现和平崛起。
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