1.向申报单位提出《申请书》；
2.与科技教育司签订《合同书》；
3.每年向科技教育司及项目申报单位上报《水利部水利科技重点项目年度工作计划执行情况报告》（以下简称《年度报告》，见附件三），上报日期为次年的一月底以前；
4.项目完成后，向部科技教育司提出项目鉴定申请，并提交所有鉴定材料。
第十四条 年度计划执行中，部科技教育司应严格履行其职责；在项目《合同书》执行过程中，若发生争议或一方违约，应按《合同书》中“共同条款”中的规定处理。
对撤销的项目，由部科技教育司按国家有关规定，追回已拨的项目经费及所购置的仪器设备。
第十五条 年度计划项目、课题遇有下列情况之一，则须撤销。
1.经实践证明所选技术路线不合理或无实用价值的；
2.国内已有相同或更高水平同类科技成果并实用化的；
3.研究内容和其它科技计划重复的；
4.与研究相匹配的贷款、自筹资金、外汇和原材料、燃料动力等条件长期不能落实的；
5.研究依托的基本建设、技术改造、技术引进和国外合作发生变化而不能落实的；
6.研究的技术骨干发生重大变化，使研究无法进行的。
调整撤销的项目、课题，由项目申报单位提出意见，经科技教育司批准执行。
第十六条 重点计划的成果管理按《水利部水利科学技术研究成果管理办法》、《水利部科学技术成果鉴定管理办法》、《水利部
科学技术进步奖励条例》和国家有关规定办理。
第十七条 鼓励对重点计划的成果实行有偿转让，其转让收入归成果开发单位，具体事项按国务院发布的《技术转让条例》执行。除国家（部、委）有特殊规定外，成果开发单位不得对成果进行垄断和封锁。
第四章 经费管理
第十八条 重点计划资助经费由水利部筹集，项目申报单位或承担单位也应有相应的配套经费。
第十九条 水利部科教司下拨的研究经费，根据不同项目类型，实行无偿使用、部分偿还或全部偿还等不同的方式。属基础研究和应用基础研究的项目，由水利部拨款，无偿使用。以实现科技成果转化成商品生产为目标，成果转化后有直接经济效益的开发型项目，研究经费实行全部或部分偿还，偿还比例及偿还计划均要在合同中确定。
