第五章 管理体制
第九条 水利部和国家计委负责项目实施的管理、检查、监督、验收等工作。
第十条 各省（区）成立重点防治工程领导小组，省（区）主管领导任组长，计委、水利厅等有关部门负责人参加，并任副组长，办公室设在水利厅水土保持局（处），负责日常工作。领导小组是各省项目区的主管机构；各有关地（市）、县（市、区）水利（水保）局是项目的实施机构，受同级人民政府的领导和上级业务部门的指导；项目涉及的乡（镇）、村也要做好项目的组织实施和管理工作。项目正式实施前，各有关部门要逐级签定项目协议书，确定各自的权利、职责、违约责任及奖惩办法等。
第十一条 省、地（市）、县各级都要建立起产权清晰、权责明确、管理科学的水土保持工程管理运行机制，制定科学合理的规章制度，保证工程正常实施和运用。
第六章 项目实施
第十二条 项目批准后，实施单位必须按照规划和计划严格实施，不得擅自改变建设地点、规模、标准和主要建设内容。
第十三条 各地应严把工程质量关，对不符合质量标准的工程要追究工程负责人的责任，并按照标准返工。
第十四条 在项目实施过程中，必须坚持治理与开发相结合、以经济效益为中心的原则，要切实加强工程实施的管理，提高投资使用效益和效率。
第七章 项目验收
第十五条 工程竣工后，要及时进行总结和自检自验，做好验收前的各项准备工作。具备验收条件后，由县政府提出验收申请，由省领导小组进行初验，水利部商国家计委组织进行国家验收。凡国家验收合格的项目，颁发工程合格证；验收不合格的，除限期按照标准补建或整改外，要给予通报批评。
第十六条 验收的主要内容包括：（1）项目治理开发任务及投资是否按照批复指标完成；（2）主要工程建设是否符合规划设计要求，达到规定的质量标准；（3）地方匹配资金是否按照国家规定足额及时到位；（4）资金使用是否符合项目资金使用管理办法的规定，有无违纪问题；（5）效益指标是否达到规划要求，（6）建设资金审计结论。
