项目安排次序遵循以下原则：一是加快在建项目建设，如中央动物防疫基础设施建设、生物制品生产企业技术改造等。二是优先安排基层动物防疫站。
《规划》分二个阶段实施：
（一）第一阶段，2004-2005年
1.国家级项目。建设和完善国家动物疾病预防控制中心，国家兽医微生物中心，口蹄疫、禽流感国家参考实验室，3个国家级兽药残留基准实验室，2个国家级兽药安全评价实验室。完成17个兽用生物制品生产企业的GMP改造。
2.省级项目：完善和建设8个省级动物疫病预防控制中心、完善10个省级动物卫生监督所、9个省级兽药监察所。
3.县级项目：建设尚未投资的1042个县级动物防疫站，以及530个县级动物卫生监督站。建设170个县级水生动物疫病防治站。
（二）第二阶段，2006-2008年
1.国家级项目。建设和完善动物防疫疫苗抗原储备库、狂犬病诊断实验室各1个，6个国家级兽药安全评价实验室，1个国家兽药标准物资制备中心，1个国家级兽药残留基准实验室，3个水生动物疫病重点实验室，1个水生动物病原库。
建设和完善9个出入境动物检疫实验室，3个出入境动物隔离检疫场，1个出入境检验检疫犬驯养基地，52个出入境防疫消毒与处理设施，6个入境动物产品查验及处理设施、7个出入境兽药残留检测实验室。
2.省级项目：完善和建设23个省级动物疫病预防与控制中心、21个省级动物卫生监督所、22个省级兽药监察所、2个省级水生动物疫病监控中心。
3.县级项目：建设和完善783个县级动物防疫站（含动物疫情测报站和边境动物疫情监测站），建设320个县级水生动物疫病防治站，建设2331个县级动物卫生监督站，完善779个动物防疫监督检查站。
4.乡镇兽医站：建设1.87万个乡镇兽医站。按照与基层兽医体制改革相结合的原则，优先安排改革到位的乡镇。
5.建设250处国家级陆生野生动物疫源疫病监测站。
七、投资测算与资金来源
（一）总投资及构成
初步估算，动物防疫体系建设规划总投资88.35亿元。其中中央投资56.6亿元，地方配套及自筹31.75亿元。按项目类别划分，动物疫病预防与控制中心项目建设投资8.1亿元，占总投资的9.17%；县级动物防疫设施建设24.34亿元，占总投资的27.55%；检疫监督设施建设16.15亿元，占总投资的18.28%；乡镇（农场）兽医站设施建设18.81亿元，占总投资的21.29%；兽药质量及残留监控设施建设5.78亿元，占总投资的6.54%；动物疫病诊断与技术支撑项目建设7.16亿元，占总投资的8.11%；兽用生物制品生产企业GMP改造项目8亿元，占总投资的9.06%。
按部门划分，农业系统动物防疫基础设施建设投资84.75亿元，占总投资的96%；出入境检疫系统投资2.6亿元，占总投资的2.9%；林业系统投资1亿元，占总投资的1.1%。
（二）资金筹措方案
1.中央直属项目原则上全部由中央投资解决。
2.地方项目，总体上按东、中、西部地区确定不同的中央、地方投资比例，其中京、津、沪、苏、浙、粤六省（市）为1：9，辽、鲁、闽三省为1：1.5，中部地区按1：0.5，西部地区为1：0.15。
（三）分年度投资方案
全国动物防疫体系规划总投资88.35亿元，其中中央投资56.6亿元，2004、2005年中央投资已经下达15.5亿元，2006-2008年还需安排41.1亿元，其中：出入境检验检疫项目中央投资2.6亿元由国家发展改革委安排预算内投资；其余38.5亿元在农口国债投资中统筹安排（2006年已安排13.8亿元，2007-2008年还需安排24.7亿元，年均12.35亿元）。
八、投资效益分析
（一）社会效益
可以有效监控重大动物疫病和兽药残留，提高动物产品质量安全和公共卫生水平，保护人体健康，维护社会稳定。有效预防、控制和扑灭严重危害养殖业发展的主要动物疫病，防止外来动物疫病进入，降低动物疫病给养殖业带来的风险，减少生产损失，促进农民增收。提高对动物疫病监控能力和动物及其产品质量，增强国民消费信心，提高动物及其产品的国际竞争力。促进我国动物疫情公布制度的建立和完善，增强动物防疫工作的透明度，提高我国动物产品贸易的国际声誉。带动相关产业，促进经济发展。
