该系统承担动物防疫以及对突发、新发及外来重大动物疫情处置的物资保障任务。主要内容包括符合良好生产管理规范（GMP） 标准的兽用生物制品生产企业和紧急防疫物资储备制度等。
五、动物防疫体系重点建设项目与布局
根据动物防疫体系建设总体框架，针对体系薄弱环节，确定2004-2008年的体系重点建设项目与布局。
（一）中央和省级动物疫病预防控制中心建设
1.国家动物疫病预防控制中心（CADC）。承担全国动物疫病即时监测、分析预警和重大动物疫病应急处理职责，形成中央一级对重大动物疫病的快速反应、快速处理和协调指挥能力。主要建设内容：生物安全三级实验室、动物疫情信息处理、预警预报和动物及其产品安全追溯系统。
2.省级动物疫病预防控制中心。在31个省（区、市）建设省级动物疫病预防控制中心，承担辖区内动物疫病监测、分析、诊断或确诊等任务，指导和协调辖区内突发动物卫生事件的应急反应行动。主要建设内容：生物安全二级实验室，更新或补充仪器设备，整合动物疫病诊断、监测等现有资源，形成动物疫情信息处理、预警预报、动物及其产品卫生安全和动物疫情追溯系统。
3.省级水生动物疫病监控中心。在深圳、厦门2个计划单列市，填平补齐改扩建2个水生动物疫病监控中心，承担辖区内水生动物疫病监测、分析、诊断或确诊等任务，指导和协调辖区内突发水生动物卫生事件的应急反应行动。主要建设内容：水生动物疫病诊断实验室及水生动物疫情信息处理、预警预报设施。
（二）基层动物防疫基础设施
1.县级动物防疫站。承担辖区内动物疫病诊断监测，疫情收集整理、汇总和报告，以及实施疫情处理等任务。建设和完善全国2193个县级动物防疫站和100个新疆兵团、农垦系统农场动物防疫站，完善已建的全国304个动物疫情测报站和146个边境动物疫情监测站，应具备血清学检测等一般诊断能力。主要建设内容：建设和完善县级动物疫病临床诊断实验室、生物制品的保藏、运输设施、动物疫情信息采集处理及动物及其产品质量安全追溯系统。
2.水生动物防疫站。在全国490个水产养殖重点市、县，依托现有水产技术推广站，建设水生动物疫病防治站。
3、乡镇兽医站。根据兽医体制改革的进程，本规划期安排建设全国50%的乡镇兽医站建设，共计18700个，其中东部地区3700个，中部地区6800个，西部地区8200个。
4.陆生野生动物疫源疫病监测站。在候鸟迁徙通道、繁殖地、越冬地、迁徙停歇地以及野生动物集中分布区域，依托自然保护区、鸟类环志站、森林病虫害防治站、野生动物保护管理站等单位，建立250处国家级陆生野生动物疫源疫病监测站。主要建设内容：配备观测、样品采集、保存、运输、防护以及消毒灭菌等设备。
（三）检疫监督设施建设
1.动物卫生监督站（所）。承担辖区内动物和动物产品从饲养、生产、加工、储存、运输等各个环节的检疫、监督职能。建设和完善31个省，以及2861个县级动物卫生监督站（所），应具备现场调查取证、检疫监督执法能力，乡镇动物检疫监督设施纳入乡镇兽医站统一安排，不再单独建设。主要建设内容：配备检疫、监督执法工作所需的仪器设备和调查取证、交通、通讯等设备。
2.动物防疫监督检查站。承担省际间跨区域流动的动物和动物产品检疫监督、查证验物职责。按照合理布局的原则，建设和完善779个动物防疫监督检查站，应具备快速检疫和查验能力。主要建设内容：动物防疫检查场所及消毒、交通、通讯等设施设备的购置、更新或补充。
3. 出入境动物隔离检疫场。主要承担我国从境外引进动物的隔离检疫任务，隔离期间（45天）对相应项目进行检测，经检疫合格的动物方允许进境，不合格动物做扑杀销毁处理，以防止动物疫病传入。建设和完善3个出入境动物隔离检疫场，主要建设内容：动物检疫隔离基础设施。
