6、面源污染治理工程。在河道周边设置植物缓冲带，种植或抚育具有吸收有机污染物能力的乔木、灌木和草本植物。在河道和水库水位变化的水陆交错带建设人工湿地，种植适水树种和草本植物，增强水体自净能力。
7、水土流失和水环境监测。建立水土流失和水质指标动态变化监测点，对土壤侵蚀模数、土壤侵蚀量、入河（库）泥沙量，以及总磷（TP）、总氮（TN）、生化需氧量（BOD5）、化学耗氧量（COD）等指标进行监测。
（二）管护制度建设
在试点小流域内，制定封山禁牧、封育保护政策和乡规民约，建立水源管理和保护制度，保护林草植被，促进生态自我修复。在有条件的地方，实行生态移民和并村；制定化肥、农药使用推荐种类目录，明确其合理用量及使用方法；严格对生活垃圾、畜禽和水产养殖污染排放的控制管理。加强流域内集体和私人企业、饮食服务等行业排污的管理；监督开发建设项目落实水土保持“三同时”制度，控制新增人为水土流失。积极组织开展文明新农村建设活动等。
三、实施期限
工程实施期3年，2007-2009年。
四、工程投资
试点工程建设投入以地方为主，中央给予适当补助。中央补助投资从现有国家水土保持重点防治工程及相关水利项目投资中安排。中央投资主要用于水利水保工程、封育管护、宣传、监测等。没有国家重点工程的省、自治区、直辖市自筹解决。各级水利部门要积极争取地方政府的支持和相关部门的配合，同时创新投入机制，依靠政策吸引社会力量等多渠道解决投入问题，确保工程顺利实施。
五、组织实施
生态清洁型小流域试点工程由水利部统一组织实施，负责审批入选工程、实施方案和组织竣工验收工作。流域机构负责工程实施的技术指导和检查验收工作。各省（区、市）水利部门依据批复的实施方案，制定和下达年度计划，组织开展年度检查，并于每年2月底向水利部上报上年度总结报告。县级水利部门在当地政府的统一领导下，全面负责组织编制试点工程建设实施工作，建立工程管理制度、落实项目责任、明确任务，开展试点工程建设及相关监测工作等。
试点工程实施完成后，各县进行自验，全面总结。自验结束后向所在省（区、市）上报自查验收报告。各省（区、市）组织初验，向水利部上报初验报告。水利部组织流域机构和有关专家进行竣工验收，完成竣工验收报告。
