“十一五”期间，我国渔业发展也将面临着来自资源、环境、市场、科技、体制等诸方面的挑战，这些因素不同程度地制约着渔业的发展。
1、资源环境的刚性约束与渔业可持续发展之间的矛盾日益尖锐。随着工业的发展和城市扩容，沿海、城郊优良的渔业水域、滩涂被大量占用，传统的养殖区域受到挤压，旅游、航运等产业开发与渔业发展的矛盾日益尖锐；大型水利工程建设改变了水生生物赖以栖息的生态环境，部分宜渔水域受到污染，鱼类的产卵场遭受破坏，珍稀水生野生动植物濒危程度加剧；沿海捕捞渔船多、渔民转产转业安置困难的现状加剧了渔民生产生活与资源保护的矛盾和难度；新的海洋制度建立后，国际社会对公海渔业资源管理日趋严格，各国对公海资源开发争夺日益激烈，对专属经济区资源的管理也越加重视，资源与环境的刚性约束将成为今后长时期制约我国渔业可持续发展的主要因素。
2、市场对水产品质量安全要求日益提高与我国水产品质量安全保障水平低的矛盾日益突出。随着经济的发展和人民生活水平的提高，国内外消费市场对水产品质量安全要求越来越高。但目前我国水产养殖不合理用药现象仍较为普遍，水产品药残超标事件屡有发生；部分渔业水域环境质量下降，导致水产品被污染或携带病毒、细菌、寄生虫、生物毒素的机率增加；加工企业质量风险防范意识不强，加工过程中仍存在使用禁用物质或掺假使假行为，水产品质量安全尚存在很多隐患。加之国际贸易保护主义抬头，主要进口国常以技术法规、技术标准、认证制度、检验制度为手段设置技术壁垒，使我国水产品出口屡屡受限。同时，由于我国渔业组织化程度较低，出口竞争无序，导致进口国反倾销制裁增加，水产品加工出口企业在国际贸易战中优势难以发挥，水产品质量问题已成为制约渔业增效、扩大和巩固国内外水产品市场，以及保证消费者食用安全的关键因素。
3、渔业增长方式转变的迫切要求与当前渔业科技发展水平不相适应。目前，我国渔业科技由于受体制等多方因素的制约，现有的科研能力和创新水平无法满足渔业增长方式转变的迫切需要，主要表现为：适于养殖的优良水产苗种遗传改良率仅为16%，远低于种植业和畜牧业；水产养殖病害呈多发、频发，且呈逐年加重趋势；疫苗等安全、有效的专用渔药研发滞后，导致在养殖、保鲜、运输、加工过程中不合理使用农药、兽药或化工产品的现象较为普遍；海水鱼类养殖饲料主要依赖投喂天然鱼虾，资源浪费现象严重；80%以上的工厂化养殖采用“大进大出”的用水方式，既不利于水环境保护，也造成地下水资源浪费严重等等。渔业发展总体上还没有摆脱依靠生产规模扩张和大量消耗自然资源为主的粗放式经营方式。
4、和谐渔业建设要求与当前薄弱的渔业支撑保障体系不相适应。渔业是一个高投入、高风险的产业。我国渔业由于公共基础设施建设投入长期不足，抵御各种风险能力较差，每年因自然灾害和生产安全事故给渔业造成重大损失，一些渔民受灾后生产自救能力弱，生活无法保障，渔民生命财产安全的保护总体水平还比较低。加之有的渔业扶持政策不到位、救助救济机制不完善，影响了农村渔区社会和谐稳定。另一方面，由于渔业水域滩涂确权、水生动物疫病防治、水产品质量管理等法制建设滞后，技术支撑体系不健全，渔业执法管理手段不强，管理水平无法适应市场经济条件下现代渔业发展的要求，渔民维权和增收难度加大。这些问题均不同程度地影响着渔业健康发展，与新形势下建设社会主义新农村和谐渔区的要求很不适应。
（三）主要任务
根据全面建设小康社会和实现渔业现代化的要求，“十一五”时期，渔业发展要努力完成四大基本任务：
--确保水产品安全供给
加快发展高效、生态、健康渔业，大力提高渔业综合生产能力，推进水产品市场信息和物流体系建设，完善水生动物防疫、水产品质量安全法律法规、标准、检验检测体系、认证认可体系和生产全过程质量监管体系，保障安全、优质、充足的水产品有效供给。
--确保渔（农）民持续增收
在稳步发展养殖业、积极调整捕捞业的基础上，积极发展渔业二、三产业，提高渔业综合效益，确保渔（农）民收入稳步增长；认真落实各项渔业扶持政策，切实减轻渔民负担，保护渔业生产者合法权益。
--促进渔业可持续发展
全面实施水生生物资源养护行动，推进资源、环境和生产要素的优化配置，大力发展资源节约型、环境友好型渔业，构建渔业发展和资源环境的和谐关系，实现渔业的可持续发展。
--促进农村渔区社会和谐发展
继续优化渔业经济结构和区域布局，进一步加强渔港等渔业安全基础设施建设，开展渔民培训，构建平安渔业；强化渔区专业合作组织和水产品行业协会建设，提高渔民组织化水平，提高渔民自我发展能力；加强渔业法制和依法行政能力建设，为渔业发展创造良好的环境。充分发挥渔业在建设社会主义新农村中的积极作用。
三、“十一五”渔业发展指导思想、指导原则和发展目标
（一）指导思想
“十一五”时期全国渔业发展的指导思想是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，坚持以科学发展观统领渔业发展全局，紧紧围绕社会主义新农村建设的重大历史任务，以渔民增收、保障水产品质量、提高资源可持续利用为目标，坚持以市场为导向、以制度创新和科技创新为动力、以依法管理为保障，加快转变渔业增长方式，优化产业结构，提升水生生物资源养护水平，努力做强水产养殖业和远洋渔业，合理发展捕捞业，做优做大水产品加工业和休闲渔业，加快推进现代渔业建设，促进农村渔区和谐发展。
（二）指导原则
“十一五”期间，渔业发展要坚持以下原则：
--坚持以人为本，促进和谐发展。积极争取扶持渔业政策，切实保护渔民发展生产的积极性，促进渔民增收；推进渔业立法进程，依法保护渔民水域滩涂的使用权；着力解决渔民最为关心的水域滩涂征用补偿、渔业水域污染和渔民转产转业等问题，探索推进渔民最低生活保障制度的建立；要加快完善减灾防灾体系建设，保障渔民生命财产安全，实现人与自然协调发展。
--坚持统筹兼顾，实现持续发展。统筹考虑不同地域、资源和社会发展的特点和需求，妥善处理好资源保护与渔业开发的关系，合理配置各种生产要素，将科学养护与合理利用相结合，国内资源开发与国际资源利用相结合，结构调整与转产转业相结合，渔业生产与加工服务相结合，水产养殖与资源增殖相结合，做到保护促开发、开发促保护，实现渔业经济、农村渔区社会和水生生态的协调发展。
--坚持资源节约，转变增长方式。要树立资源节约的意识，提倡节水、节地、节能等资源循环利用生产方式，强化对重要渔业水域和资源的监管，加快建设资源节约、环境友好型渔业。普及健康养殖技术，推进生态养殖模式，大力发展优质、高效、生态、安全渔业，促进渔业经济增长方式由数量扩张型向质量效益型转变，实现由渔业大国向渔业强国的跨跃。
--坚持自主创新，提升发展质量。要把增强自主创新能力作为提升渔业科技水平的战略基点和促进渔业经济增长方式转变的中心环节，集中优势，整合资源，力争在关键领域、关键技术上取得突破；推进渔业科技、推广体制改革和机制创新，加大渔业科研成果转化和先进实用技术推广力度，促进渔业技术、经营、管理全面升级。
