按照全面建设小康社会的总体目标要求，统筹规划小康社会建设过程中的农村环境保护工作，确定2006年至2020年农村环境保护的总体目标与重点任务。同时，根据各时期的经济发展水平，确定各阶段的分段目标和任务，把农村环境污染防治与促进农村经济发展有机结合，根据所面临问题的轻重缓急程度，优先解决影响面大、矛盾突出的问题，分步实施，扎实推进。
3、坚持因地制宜，分类分区指导
我国地域辽阔，东、中、西部农村地区生态环境状况、社会经济发展水平和面临的主要环境问题各不相同，因此，必须从各地实际出发，因地制宜，采取相应的对策和措施。在经济发达地区，要加大治污力度，实行环境优先战略，巩固农村环境污染治理成果，加大农村生态示范创建力度；在经济欠发达地区，应加大投入，重点加强农村环保基础设施与环保能力建设。
4、坚持全面推进，实现重点突破
在全面加强农村环境污染防治的同时，应抓住重点、分清主次，优先治理工业企业污染，保护农村饮用水源地，加强村庄生活污水处理和生活垃圾收集清运，积极防治畜禽养殖污染和土壤污染，强化农村环境基础设施建设。进一步抓好试点示范，以点带面、点面结合，全面推进“行动计划”的实施。
5、坚持政府主导，鼓励公众参与
各级政府要加大公共财政对农村环保的支持力度，制定有利于农村环保工作的相关政策，引导公众积极参与“行动计划”的实施，充分运用法律、行政、经济等手段，建立激励机制，利用广播、电视等新闻媒体，大力开展农村环保知识宣传活动，推进“千乡万村环保科普行动计划”，鼓励“环保下乡”，调动社会各方面的积极性，全面落实“行动计划”。
6、坚持科技先行，多方筹措资金
要针对农村地区实际情况，重点开发低成本、高效实用的环保新技术，建立保障“行动计划”实施的技术支撑体系，在充分吸收与借鉴国际农村环境保护经验与成功模式的基础上，加强科技自主创新研究。充分发挥市场的调节作用，积极引导社会资金投入农村环境保护领域。
（三） 工作目标
1、总体目标
到2020年，有效控制农村地区环境污染的趋势，基本解决农村“脏、乱、差”问题，农村生活与生产环境得到切实改善，为建设“清洁水源、清洁家园、清洁田园”的社会主义新农村和全面建设小康社会提供环境安全保障。
2、“十一五”目标
到2010年，初步解决农村环境“脏、乱、差”问题，农村地区工业企业污染防治取得阶段性成效，农村饮用水环境得到改善，规模化畜禽养殖污染得到基本控制，新增一批有机食品生产基地，生态示范创建活动全面展开，农村环境监管能力得到加强，公众环保意识进一步提高，农村环境得到初步改善。
--建设500个工业企业污染治理示范工程。
--基本完成全国1万个行政村的农村生活垃圾收运－处理系统、生活污水处理设施示范建设，东、中、西部分别完成4000个、3500个、2500个示范工程建设。
--建设500个规模化畜禽养殖污染防治示范工程。
--建设10处土壤污染防治与修复示范工程。
--建设600处农村饮用水源地污染治理示范工程。
--建设300个有机食品生产基地。
--创建2000个环境优美乡镇，1万个生态村。
--加强200个县的环境监测、监管和宣教基本设施建设。
三、重点领域
（一） 开展村庄环境污染综合治理
在实施“行动计划”的农村地区，生活垃圾要实现定点存放、统一收集、定时清理、集中处置，提倡资源化利用或纳入镇级以上处置系统集中处理。在经济较发达地区，可采用“村收集－镇集中－县处理”的城乡生活垃圾一体化处置模式；在经济欠发达、交通不便地区可采取堆肥或简易填埋；有条件地区应进行无害化处理，或纳入乡镇集中处置系统；组织当地农民群众对历史积存垃圾进行专项清理。
应采取分散或相对集中、生物或土地等多种处理方式，因地制宜开展农村生活污水处理。在人口相对集中、水环境容量相对较小的地区可采用环境工程设施处理；在人口密度较低、水环境容量相对较大的农村区域，可利用湿地、沟塘等自然系统就地处理。应结合农村沼气建设与改水、改厕、改厨、改圈，逐步提高生活污水处理率。在我国农村水环境污染较严重的地区及水污染治理重点流域要优先建设一批农村生活污水处理示范工程。
（二） 加强工业企业污染防治
坚持工业企业适当集中原则，优化工业发展布局。在有条件的区域可规划建设农业产业化园区和生态工业园区或工业集中发展区。在生态工业园区和工业集中发展区之外的区域，不再新上工业项目。加强生态工业园区和工业集中发展区环境基础设施建设，根据工业区规模与主导行业类型，建设相应规模的“三废”处理设施。
进一步加强规划工作，严格工业企业的环境管理。组织制定生态工业园区和工业集中发展区环境保护规划。对工艺落后、设备简陋、污染严重的工业企业，限期治理或予以取缔、关闭。加大执法力度，严格查处违法排污企业，确保环境安全。加强企业污染物排放在线监控，对超标排污企业实行限期治理。按照污染物总量控制原则，逐步实施企业污染物排放削减计划。
