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6.交通基础设施重点工程。
统筹规划、合理布局交通基础设施，做好各种运输方式相互衔接。（发展改革委牵头）
重点客运专线、城际轨道交通和煤运通道。（铁道部负责）
国家高速公路网，沿海港口中转运输系统和集装箱运输系统，长江、珠江口出海航道工程，重要内河航道治理和港口建设工程。（交通部负责）
扩建、迁建和新建一批机场。（民航总局负责）
7.节能重点工程。
低效燃煤工业锅炉（窑炉）改造工程，区域热电联产工程，余热余压利用工程，节约和替代石油工程，电机系统节能工程，能量系统优化工程，建筑节能工程，绿色照明工程，政府机构节能工程，建设节能监测和技术服务体系。（发展改革委牵头）
8.循环经济示范试点工程。
循环经济示范企业和产业园区，再生资源回收利用市场和加工示范基地，再生金属利用示范企业，废旧家电回收利用示范基地以及再制造示范企业。（发展改革委会同环保总局等部门负责）
9.生态保护重点工程。
天然林资源保护工程，防护林体系建设工程。（林业局负责）
湿地保护与修复工程。（林业局、水利部、农业部、海洋局按职责分工负责）
退耕还林还草工程。（西部开发办、林业局、农业部按职责分工负责）
退牧还草工程。（西部开发办、农业部负责）
野生动植物保护及自然保护区建设工程。（林业局、环保总局等部门按职责分工负责）
京津风沙源治理工程，青海三江源自然保护区生态保护和建设工程，水土保持工程，石漠化地区综合治理工程。（发展改革委牵头）
10.环境治理重点工程。
重点流域水污染治理工程，燃煤电厂烟气脱硫工程，医疗废物及危险废物处置工程，核与辐射安全工程，铬渣污染治理工程。（环保总局牵头）
11.水资源调配工程。
南水北调东线和中线一期工程。（南水北调办牵头）
12.重大科技专项与重大科技基础设施。
核心电子器件和高端通用芯片及基础软件、极大规模集成电路制造技术及成套工艺、新一代宽带无线移动通信、高档数控机床与基础制造技术、大型油气田及煤层气开发、大型先进压水堆及高温气冷堆核电站、水体污染控制与治理、转基因生物新品种培育、重大新药创制、艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治、大型飞机、高分辨率对地观测系统、载人航天与探月工程等重大科技专项。（科技部等有关方面按国务院文件确定的职责分工负责）
重大科技基础设施。（发展改革委牵头）
知识创新工程。（中科院负责）
继续实施“863”和“973”科技计划。（科技部牵头）
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