在已向国务院报批的单独选址项目用地中，凡属省级政府及有关部门批准（核准、备案）建设的能源、交通、水利项目，涉及占用基本农田的，需由省级国土资源部门组织对占用和补划基本农田方案进行论证，形成正式的论证意见报部，作为用地报批的必备要件。论证内容包括：项目建设和选址依据的相关规划；占用基本农田的必要性、无法避让基本农田的理由；确需占用的如何通过调整选址、选线或通过工程措施减少占用的数量和比例，包括已经采取的措施和准备采取的措施；补划基本农田的位置、面积、耕地等级等。
对已向国务院报批的污水处理、垃圾处理等城市基础设施项目占用基本农田的，在论证时还要根据国家环境保护、重点流域治理、土地利用、城市建设等规划和国家相关政策进行充分的论证，对周边环境特别是基本农田的影响进行评估。
对国务院或国务院有关部门批准（核准）的建设项目，在预审阶段已经组织对占用和补划基本农田方案进行过论证，正式申报用地时选址、选线、用地面积、地类等没有发生较大变化的，可不再重新论证，发生变化的要重新组织论证，对有关情况要进行说明。对占用基本农田面积较大的建设项目用地，部将组织专家进一步论证。
三、关于执行征地报批前有关程序问题
在已向国务院报批的建设用地中，没有上报有关县级人民政府履行征地报批前程序说明材料的，要由有关县级人民政府对征地告知、确认、听证的程序、时间、地点、内容、农民意见、对农民意见的处理情况等进行说明，补报说明材料。对被征地农民自愿放弃听证的，要补报村组的回执；对已经进行过听证的，要补报听证笔录、对听证中农民所提意见处理情况的说明。对出现当地农民针对征地补偿等问题进行信访的，应要求当地政府严格依法履行征地报批前有关程序，及时解决问题、化解矛盾，有关情况要及时报部。
四、关于建设占用耕地“先补后占”问题
按照建设项目占用耕地“先补后占”的原则，已向国务院报批的建设用地项目，挂钩的补充耕地土地开发整理项目，要在2006年底前完成验收；实行边占边补的国家重点建设的大型水利水电设施、交通项目，挂钩的补充耕地土地开发整理项目要在2008年底前完成。不符合上述要求的项目要调整已确定的土地开发整理项目工期，并补报经调整的补充耕地方案或说明材料。
