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会议认为，在充分肯定成绩的同时，还应当清醒地看到我国高等教育面临着许多困难和问题：一是素质教育问题，学生实践能力和创造精神的培养亟待加强。二是规模、质量、结构和效益的关系问题，不少学校的专业设置与结构还不能适应经济社会发展需要，大众教育阶段的新的质量问题日益突现。三是各级各类高等教育的协调发展问题。一些高校办学定位不明确，盲目追求所谓的上层次、上规格，导致人才培养的规格或模式趋同。四是高等教育的投入增长跟不上规模发展，部分高校校舍、教学仪器设备、图书和师资明显不足，办学条件紧张。五是教师队伍的问题，教师的精力投入不足，教学积极性不高，甚至有个别教师不遵守课堂讲授纪律等。六是高校的毕业生数量逐年增长，就业面临压力，尤其是高职高专毕业生的压力更大。
会议认为，面对新的形势和挑战，党中央、国务院做出的高等教育的发展要全面贯彻科学发展观，切实把重点放在提高质量上的重大决策是十分及时的，十分正确的。会议代表一致认为，高等学校要坚持科学发展观，处理好规模、结构、质量、效益的关系，实现高等教育全面协调可持续发展；要加强宏观调控和分类指导，加大教学投入，深化教学改革，强化教学管理；要建设一支高素质的教师队伍，实行启发式教学，继续推进素质教育，培养学生的创新精神和实践能力；要加大实施“质量工程”的工作力度，全面提高高等教育教学质量。会议代表一致表示，要把本地区、本高校的工作重点放在深化教育教学改革，合理布局，优化结构，推动科技创新与人才培养紧密结合上来。
与会代表听取了高教司司长张尧学同志所做的关于在“十一五”时期实施“质量工程（二期）”计划的报告，一致同意其中的工作思路和主要举措，并建议在以下八个方面加大工作力度，取得明显成效。一是高度重视，加大投入，建立高校质量保障的长效机制；二是推进拔尖创新与紧缺人才的培养；三是大力提高一般本科院校的教学质量；四是提高高职高专教育的教学质量；五是提高网络、成人高等教育教学质量；六是加强公共资源共享平台建设；七是加强高等学校评估工作；八是开展高等教育教改研究。为了把以上八大方面的举措落到实处，代表们建议教育部能够抓紧论证和研究，制定出切实可行的“质量工程（二期）”计划实施方案，并作为“十一五”提高高等教育的重要举措。
代表们一致认为，这次会议是为提高教学质量、深化教学改革，研究新形势、理清新思路、提出新举措的一次重要会议，会议开的十分及时，会议内容丰富、充实，效率高，效果好，对各地和各高校“十一五”期间加强人才培养工作具有重要的指导意义。与会代表感谢西南财经大学为会议提供了热情周到的服务。
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