1、小流域治理工程。结合当地实际，实施坡耕地改造，修建水窖、水塘和坡面灌排水系等小型水利水保工程。营造水土保持林草，建设乔灌草相结合的入库（河）生物缓冲带。通过工程措施和生物措施，减少土壤侵蚀，发挥梯地、林草植被等水土保持设施控制和降解面源污染的作用。
2、生态修复工程。在有条件的地方，实施封山禁牧、封育保护，加强林草植被保护，防止人为破坏。要充分依靠大自然的力量恢复植被，改善生态环境，涵养水源，保护水资源。
3、河道综合整治工程。编制河道整治规划，采取清淤、护岸、筑堰和绿化等措施，对小流域内河道进行综合整治。封河育草，维系河流良好生态系统。禁止河道采沙，加强河道管理及其维护。防止污水和垃圾进入河道，确保河道清洁和优美环境。
4、人居环境综合整治工程。搞好道路硬化、村庄绿化、环境美化，控制和减少污染物排放。制定村庄环境卫生保洁制度，实现生活垃圾集中管理、生态污水初步处理后排放。人畜禽粪便应因地制宜推广沼气池等实用技术进行无害化处理。对居民比较集中和有条件的地区，生活污水应处理达标后排放。
5、生态农业建设工程。推广绿色、无公害技术，发展生态农业。大力推广施用有机肥料，采用生物方法以及易降解、低残留的农药防治病虫害，控制和减少农业污染。
6、面源污染治理工程。在河道周边设置植物缓冲带，种植或抚育具有吸收有机污染物能力的乔木、灌木和草本植物。在河道和水库水位变化的水陆交错带建设人工湿地，种植适水树种和草本植物，增强水体自净能力。
7、水土流失和水环境监测。建立水土流失和水质指标动态变化监测点，对土壤侵蚀模数、土壤侵蚀量、入河（库）泥沙量，以及总磷（TP）、总氮（TN）、生化需氧量（BOD5）、化学耗氧量（COD）等指标进行监测。
（二）管护制度建设
在试点小流域内，制定封山禁牧、封育保护政策和乡规民约，建立水源管理和保护制度，保护林草植被，促进生态自我修复。在有条件的地方，实行生态移民和并村；制定化肥、农药使用推荐种类目录，明确其合理用量及使用方法；严格对生活垃圾、畜禽和水产养殖污染排放的控制管理。加强流域内集体和私人企业、饮食服务等行业排污的管理；监督开发建设项目落实水土保持"三同时"制度，控制新增人为水土流失。积极组织开展文明新农村建设活动等。
四、组织实施
生态清洁型小流域试点工程建设工作由我部统一组织，包括实施方案审批、管理办法制定和工程竣工验收等。省级水利部门负责试点工程的实施管理工作，包括试点工程方案的审查，工程实施的组织协调、技术指导、监督检查和竣工验收等。县级水利部门在当地政府的统一领导下，全面负责组织编制试点工程建设实施工作，建立制度、落实责任、明确任务，开展试点工程建设及相关监测工作等。
