（二）因地制宜的原则。根据当地水资源条件、生产实际需要和投资可能，合理确定工程建设布局、规模和形式，做到经济上合理，技术上可行，杜绝重复投资和形象工程。
（三）按规划实施的原则。兴建和改造小型农田水利工程要符合各地编制的《小型农田水利工程建设规划（2006-2015年）》，坚持水源、骨干工程和田间工程配套建设，水利措施要与农业措施相结合，确保工程建成后，充分发挥效益。
经审查合格后，县级水利部门会同财政部门以县为单位编制《小型农田水利项目可行性研究报告》，填写《农业财政专项资金（水利）管理标准文本》，并对申报内容的真实性负责，逐级联合上报至省级财政部门、水利部门。
第九条 省级财政、水利部门对《农业财政专项资金（水利）管理标准文本》、《小型农田水利项目可行性研究报告》进行审查，并对项目审查结论负责。经审查合格后，按财政部、水利部审定的资金控制额度，按照下列条件，等额编制省级年度项目申请计划，联合上报财政部和水利部。
（一）粮食主产区或重点商品粮基地的项目优先；
（二）有一定筹资筹劳能力、管理能力较强、已在民政部门或工商等部门注册登记的农民用水户协会、农民专业合作经济组织申报的项目优先；
（三）通过“一事一议”或民主议事形式选定的项目优先。
第十条 财政部、水利部对各省申请的项目报告及《农业财政专项资金（水利）管理标准文本》、《小型农田水利项目可行性研究报告》进行合规性审查，批复下达年度补助资金。具体年度项目计划由省级水利、财政部门批复下达。
第三章 资金使用与管理
第十一条 中央财政对各省项目实行差别比例补助，东部地区补助比例为项目总投资的15％，中西部地区及粮食主产区补助比例为项目总投资的30％。
具体项目的补助标准由各省财政、水利部门自行确定。
第十二条 中央补助资金由财政部下达省级财政部门，并抄送省级水利部门。省级财政部门按照规定的预算级次和程序下达资金，并抄送同级水利部门。
第十三条 中央补助资金原则上与各地安排的补助资金一并直接补助到实施项目的农户、农民用水户协会或其他专业合作组织和村组集体，具体形式视当地实际情况而定。资金管理实行县级财政报账制。
