对已建、在建的农村水电建设项目要进行全面清理。对未进行水资源论证和未办理取水许可相关手续的农村水电建设项目，限期补办；逾期未办理的，按有关规定严肃处理。
1、已建成农村水电建设项目：对于2002年5月1日前批准并开工建设的农村水电建设项目，限期补办取水许可手续。2002年5月1日建设项目水资源论证制度实施以后，批准并开工建设的农村水电建设项目应补充进行水资源论证和办理取水许可相关手续。经论证发现对水环境、上下游用水等产生重大影响的农村水电建设项目，由业主提出整改措施，限期整改；经整改仍不能消除重大不利影响的，应对利益相关者进行补偿。
2、在建农村水电建设项目：应限期补充进行水资源论证，补办取水许可手续。经论证发现对生态环境、上下游用水产生重大影响的，由项目法人提出整改措施，限期整改，消除不利影响；经整改仍不能消除重大不利影响的，应责令其停止建设，由此带来的损失由相关责任方承担。
3、拟建农村水电建设项目：一律按照规定进行水资源论证。经论证不符合要求的，一律不得审批取水许可申请，不得开工建设。
五、坚持项目开工报告审批制度
农村水电建设项目是江河开发治理工程，直接关系到人民生命财产安全。根据《
国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号），农村水电建设项目具备开工条件后，由项目法人提出开工申请报告，经有审批权的水行政主管部门审批后，方可正式开工。
对不具备条件的项目，一律不准开工建设。对违反规定擅自开工，或"边建边报"、"未报先建"等违规项目，要立即责令停工，并限期整顿或拆除。
六、强化施工过程监管
各地水行政主管部门应监督落实农村水电建设项目法人、参建单位严格执行国家有关法律法规，严格执行项目法人制、招标投标制、建设监理制和合同管理制。
农村水电建设项目施工，要认真落实环境影响评价和初步设计中对废水、废气、固体废物和噪声控制、生态保护、人群健康保护、施工环境管理与监测等方面的环境保护措施。
对非季节性河流因水电开发造成河段断流的，要按维护河流健康的原则，提出解决方案，采取工程措施和非工程措施（包括合理的运行调度方案）予以解决。严格落实水资源论证、取水许可和环境影响评价审批意见的各项措施，确保生态环境需要的下泄流量，保证下游生产、生活、生态用水需求。
工程建设、设计、监理和施工单位应自觉接受水利工程质量监督机构的监督。各级水行政主管部门要对批复的初步设计、水土保持方案、环境保护方案、防汛度汛预案等执行情况实施跟踪监管。
