建立和实施卫生处理效果评价监管制度。“十一五”期间，在效果评价技术成熟的基础上，沿海口岸在2008年前开展由检验检疫人员实施的卫生处理效果抽样评价工作。“十一五”结束前，所有检验检疫机构均100％实施卫生处理效果评价机制。在评价抽样率方面，根据对公共卫生安全的危害程度，对被病原体、医学媒介生物污染的检疫对象、废旧物品实施口岸卫生处理效果评价抽样率要达到100％，以确保口岸卫生处理工作质量。
严格卫生处理实施范围，加强卫生处理机构能力建设。根据新的《
国际卫生条例(2005)》关于最低限度干扰国际贸易的原则， “十一五”期间，要进一步严格限定预防性卫生处理的范围，改变将卫生处理作为创收途径的观念和思路。
加强系统内卫生处理药械的研发与应用。认真贯彻我国签署承诺的《蒙特利尔公约》精神，积极寻求低毒、高效、环保的药物以替代高毒低效、破坏环境的药物。“十一五”期间，一是充分发挥卫生处理技术协作组的作用，以宁波局牵头尽快研制完成硫酰氟在口岸卫生处理应用的技术指标，以及替代溴甲烷的应用范围。争取到“十一五”末期，用作卫生处理目的的硫酰氟熏蒸作业达到整个处理业务的80％以上。二是由中国检科院牵头，研究和推广卫生处理效果的快速评估方法，确保卫生处理工作质量和快速通关的要求。三是以中国检科院牵头，研究和开展口岸入出境放射性物质和有毒有害物的除污工作，以适应于口岸突发公共卫生事件的要求。四是以山东局、厦门局和秦皇岛局牵头，进行压舱水处置方法的研究，对外来压舱水进行风险评估和分析，研究对外来压舱水可行的处理措施。
实施步骤：“十一五”期间，卫生处理从业机构100％要实现专业化和企业化运作；建立和健全药械评审准入制度和资质准入、考核监督的动态管理机制以及卫生处理效果评价监管制度；加大卫生处理药械的研发与应用。
(六)卫生检疫信息化建设。
大力推行“大通关”战略，实现“提速、减负、增效、严密监管”的目标，利用现代化网络管理的高科技手段，从加强一线业务的电子监管入手，使口岸卫生检疫工作科学化、规范化，建立起覆盖全国的卫生检疫网络，实现数据信息共享，确保总局能在最短的时间内从电子监管系统中获取有关数据信息，实现总局对口岸卫生检疫工作的统一指挥、统一部署、统一行动和统一监管。体现卫生检疫工作的行政性、科学性、先进性、可操作性和经济性，达到“提速、减负、增效、严密监管”的目的。
卫生检疫信息化建设将根据业务分成4个部分：检疫查验、疾病监测、卫生监督、卫生处理。卫生检疫电子监管系统设计成2个网络：即内网 (CIQ2000)、外网(疫情通报、旅行健康咨询、疾病常识、咨询联络等)；6个数据库：即疫情 (WHO流行病周报的信息、爆发信息)、公告(国际疫情通报、疫情控制措施)、法规、标准、统计 (业务统计)、突发事件(疫情、媒介)；27个子系统。
实施步骤：“十一五”期间，卫生检疫信息化工作要覆盖总局、35个直属局、278个分支局、 271个办事处，企业端深入到各企业、代理单位。系统功能涵盖卫生检疫所有的业务。实现与 C1Q2000业务管理系统和国家卫生检疫信息检测预警应急系统的无缝连接，达到信息资源的共享。
(七)卫生检疫专业人员技术培训。
1．通过总局、直属局、分支局三级培训，鼓励有条件直属局加强与地方科研院所和地方疾病预防控制机构的人才培训协作和人员技术交流，建立一支数量上能满足、专业技术上能胜任的高素质卫生检疫专业队伍。建立应对突发公共卫生事件所需人才储备制度。通过实战演练提高现场处置事件的能力。
2．以“科技兴检”、 “人才强检”为平台，做好“优秀中青年专家”和学术技术骨干的选拔和培养工作。加强对学科带头人和技术骨干的培养。探索学科带头人的发展培养的长效规划，制定激励机制和考核机制，不断提升学术水平。要建立卫生检疫人才库，组织申报和确认卫生检疫各方面专家，逐步培养起自己的专家梯队。要组建卫生检疫专家组，加强对口岸卫生检疫技术的指导，解决基层执法中的技术疑难问题。
3．开展资格培训和认证，到“十一五”末，实现业务人员(检疫官员、体检医师、检验检疫人员、预防接种人员、卫生处理人员)持证上岗率达到100％。
实施步骤：“十一五”期间，制定并形成长效培训机制，确保卫生检疫各梯次专业人员的持续阶梯式培训和专业知识的更新提高。每年定期举办卫生检疫专题技术培训班，包括：信息报告、应对突发公共卫生事件、疾病监测、检测技术、卫生处理、医学媒介生物控制等。
(八)积极推进区域技术协作，广泛开展国际合作与交流。
1．进一步完善区域性传染病疫情的监测、控制网络，积极推进和发挥南方8省热带病卫生检疫联防协作组、华北5省鼠疫联防协作组、环渤海湾医学媒介生物联防联控协作组以及卫生处理技术协作组等区域性卫生检疫技术联防联控合作机制。
