（二）执法不到位，管理不规范。个别税务机关存在纳税人纸质申报资料与电子数据不符，对未申报纳税人未及时下达责令限期改正通知书或按规定给予相应的处罚，纳税人纳税申报表填写不规范、不完整等问题。有的地方擅自延长法定申报纳税期限，不对欠税企业采取税收保全或强制执行措施，不按规定加收滞纳金。还有的地方对部分企业长期按照个体户“双定”办法进行核定征税，甚至出现为企业办理停、歇业的情况。个别地方执行起征点政策不当，对未达起征点的纳税人征税。越权减免、违规减免、违规批缓等问题在有的地方依然存在。2004年全国执法检查共发现越权减免税少征税款89万元，违规税前列支、补亏少征税款1803.6万元，违规少计滞纳金411.34万元，违规批缓税款87.72万元，中央收入混地方库141.45万元。
（三）税务检查不规范，处罚偏轻。个别地方稽查案件调查取证不完整，不严格按照规定进行调账、取证、告知、送达和加收滞纳金、罚款，稽查报告违法事实叙述不清、引用法律依据不准确，文书涂改，询问笔录不规范，稽查底稿填写不统一等问题在有的地方依然存在。2004年全国税务处罚不当案件发生766起，税务处罚决定不规范1908件，涉嫌犯罪应移送未移送案件43件。问题主要表现在查补税款、滞纳金、罚款未及时入库，或者不收罚款、不采取强制执行措施等方面， “重检查，轻处理”的现象在一定程度上存在，案件处罚和执行力度有待提高。
（四）其他问题。有的地方政府干预执法，有关部门不支持配合，银行或者其他金融机构未按《税收征管法》的规定管理账户，税收信息系统与业务需求之间存在时滞，个体工商户建账面偏低，扩大核定征收范围，欠税公告后续措施乏力，一般纳税人认定管理粗放，包括国税局、地税局在内的部门配合不协调等。
存在以上问题的原因是多方面的，有法制环境不完善，管理体制不顺畅等外部原因，也有税务干部对《税收征管法》的综合性理解差，不能准确理解并运用法律赋予税务机关的征管手段与措施，以及面对企业负担重，主张“施仁政”的思想等原因。部分税务机关在执行税收政策时，不仅考虑税收问题，还更多的从合理性、社会接受程度、稳定方面考虑，从而出现变通政策、扩大税收优惠政策执行范围等问题。此外，管理基础较为薄弱，部分税务人员责任心不强，有权无责、有责不究，管理上失之以宽等也是产生这些问题的重要原因。
四、深入研究，强化监督，确保《税收征管法》贯彻落实
