第六条 农业主管部门对农业专项资金审计要加强领导、督促和检查工作，有关部门和单位要协同配合，人员组合符合审计工作需要。
第七条 农业专项资金审计的主要内容。
(一)国家计划内投资、中央财政预算安排(包括主管部门)下拨的专项资金、地方财政配套资金是否按国家规定及时足额拨付到位。
(二)项目资金投向是否合理，资金使用是否合规合法、专款专用，有无挤占、挪用、截留、转移、损失浪费等问题。
(三)建设项目计划(协议)执行与完成情况，有无擅自变更项目计划，有无超计划、超标准、超面积、超预算、随意搞计划外工程等问题。
(四)专项资金使用单位财务管理和内控制度是否健全有效，会计核算是否规范，各项报表是否齐全、合规、真实、准确。
(五)农业专项资金使用的经济效益、社会效益、生态效益情况。
第八条 农业专项资金审计要统一审计项目、统一审计内容、统一审计方法、统一审计指标。审计方式一般为就地审计。
第九条 农业专项资金审计的主要程序。
(一)全国农业系统的农业专项资金审计由审计署驻农业部审计局列入年度审计项目计划，经审计署批准，农业部下达审计任务。地方农业主管部门根据农业部和上级主管部门下达的任务，拟定本部门专项资金审计工作计划，制定工作方案，发出审计通知书，培训审计人员，派出审计组，实施审计监督工作。
(二)听取被审单位专项资金管理使用情况汇报，审查账目、凭证、报表、实物，进行实地察看及进行必要的审计调查取证。
(三)被审单位要积极配合，提供所需的账目、文件、资料，接受查询和提供必要的工作条件。
(四)评价资金使用效益，对审计中发现的问题提出处理意见和改进建议。
(五)审计终结出具审计报告。审计报告内容应当真实、客观、公正，全面反映专项资金到位情况、项目建设情况、资金使用效果和审计处理意见等，不得隐瞒或虚报。审计报告须征求被审单位意见。
农业部组织实施的专项资金审计，审计署驻农业部审计局根据需要进行抽审，在审计项目完成后根据各省、区、市农业主管部门上报的审计报告写出综合审计报告，报农业部领导审定后印发各省有关农业主管部门，并抄送国务院有关部门和省、区、市人民政府。地方农业主管部门组织实施的专项资金审计，由主管部门领导审批后下达审计意见书或审计决定，抄报本级人民政府、上级农业主管部门和同级审计机关。
