为推动农村经济与环境的协调发展，各级环境保护部门要在1999年以前推行农村生态保护目标责任制和农村生态环境整治定量考核。在面源污染严重和“三湖”地区，有关省、市环境保护部门应积极组织开展农药、化肥、农用地膜、禽畜粪便和水产养殖污染综合防治示范工作。
加强对农药生产、储运、销售和使用等环节的环境安全监督，掌握本地区农药污染状况，确定农药严重污染重点控制区和重点控制作物品种，报当地政府批准，采取措施积极防治。
五、严格执行《
海洋环境保护法》，控制陆源污染
沿海各级环境保护部门要严格执行《
海洋环境保护法》及有关法规，强化对海洋环境保护的统一监督管理，搞好近岸海域的污染防治和生态保护，加强海岸工程和排海工程建设项目的环境管理。建立近岸海域环境功能区划管理制度，对海域环境实行分类管理。
严格控制陆源污染物入海总量，将陆源污染物入海总量控制纳入当地污染物总量控制总体计划，并监督实施。
开展渤海、黄海、东海和南海沿岸陆地与近海的同步监测，逐步形成制度。沿海各级环境保护部门要按环境监测规范的要求，开展近岸海域环境监测。
六、加大监督力度，保护农村环境
强化乡镇企业环境管理是农村环境保护的重要内容。各级环境保护部门要认真执行四部委《
关于加强乡镇企业环境保护工作的规定》和
中国农业银行、国家环保局《关于加强乡镇企业污染防治和保证贷款安全的通知》，加强对乡镇企业污染防治的监督力度，促进产业合理布局和结构调整，引导乡镇企业健康发展；会同监察部门定期开展对关停“十五小”企业的监督检查，防止死灰复燃。重点检查取缔、关停“十五小”不力地区，依法查处各类违法行为，并将检查结果及时报当地人民政府和上级环境保护部门。
各省、自治区、直辖市环境保护部门要在国家公布的全国乡镇工业污染控制重点区域、重点行业和重点污染源名单的基础上，公布本省乡镇工业污染控制重点区域、重点行业和重点污染源；会同计委、经委和乡镇企业管理部门，组织制定重点区域环境综合整治、重点行业和重点污染源限期治理计划，并报当地政府批准实施。
