财政补助收入、上级补助收入只能用于安排事业支出，事业收入(含可用预算外资金收入)和其他收入也应用于安排事业支出，另有规定的除外。专项资金安排的支出项目，应作详细说明。
事业单位需用非财政补助收入(包括可用预算外资金收入)安排自筹基建，应按程序立项报批。安排自筹基建支出，首先应落实资金来源，应在保证事业正常工作支出需要、保持正常预算收支平衡的基础上统筹安排。经财政部门核定的自筹基建资金纳入基本建设财务管理。
经营收入和经营支出预算应按照配比的原则进行编列。
二、事业单位预算的核批
1．财政部门在收到经主管部门审核汇总的事业单位预算后，应进行审核，对符合预算编制要求的，应在规定的期限内予以批复(预算批复基本格式见附件2)。财政部门核批事业单位预算一般只核批到部门，具备条件的，可以直接核批到事业单位。
2．财政部门在批复事业单位预算时，应按照国家对事业单位实行“核定收支、定额或者定项补助，超支不补、结余留用”的预算管理办法，统一核定事业单位各项收入和支出预算。
对收入预算应明确核定财政补助收入、上级补助收入、事业收入(包括可用预算外资金收入)、经营收入、附属单位上缴收入、其他收入等各项收入指标。
对支出预算，要统筹兼顾、确保重点，在分类核定事业支出、经营支出、自筹基本建设等支出数额基础上，对事业支出还可根据管理需要，核定工资、社会保障费(包括离退休费用)、设备购置费、修缮费和业务费等“目级”重点支出项目数额。
对非财政补助收入大于支出较多，实行收入上缴办法的事业单位，应核定其上缴上级支出数额。
3．财政部门在核定事业单位预算时，财政补助定额或标准应根据事业特点、事业发展计划、事业单位收支状况以及国家财政政策和财力可能确定。既可以对事业单位确定一个总的补助数额，也可以对事业单位某些具体支出项目(如工资、设备购置费和修缮费等)核定补助数额。
可用预算外资金收入，应根据收支统管的要求，与财政补助收入一并核定，统一下达。其数额应按从财政专户核拨给事业单位的预算外资金收入和经财政部门核准由单位留用的预算外资金收入数额确定。
财政补助收入应按规定用于工资等人员支出以及必不可少的业务和设备购置开支，可用预算外资金收入也应按规定用于弥补工资等人员支出以及必不可少的业务和设备购置开支。必须专门指定支出用途的，财政部门在核批事业单位收支预算时，应予以明确。
财政部门在核批事业单位预算时，对单位预算外资金收支计划要予以批复。预算外资金收支计划有关数额要与单位预算中的预算外资金收支相关数额相衔接。对预算外资金支出计划中的重要项目数额，要予以具体核定。
