二级稽核的工作内容和步骤：
(一)审核增值税纳税申报表、发票领用存月报表、相关发票存根联、抵扣联、发票领用存原始记录等资料之间的数据是否相符。
(二)对防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣联按规定进行认证。
(三)运用全国丢失、被盗增值税专用发票查询系统对其抵扣联进行抽查验证。
(四)根据纳税人报送的增值税纳税申报表、资产负债表、损益表和其他有关纳税资料，做好案头分析工作，对纳税人形成异常申报的原因作出初步判断。
1.毛益率分析。根据损益表计算销售毛益率，计算公式为：
销售毛益率＝(销售收入－销售成本)÷销售收入×100%
若本期销售毛益率较以前各期或上年同期有较大幅度下降，可能存在购进货物(包括应税劳务，下同)入帐，销售货物结转销售成本而不计或少计销售额的问题。
2.存货、负债、进项税额综合分析。适用于商品流通企业。分析时，先计算本期进项税额控制数，计算公式为：
本期进项税额控制数＝[ 期末存货较期初增加额(减少额用负数表示)＋本期销售成本＋期末应付帐款较期初减少数(增加额用负数表示)] ×主要外购货物的增值税税率＋本期运费支出数×10%
以进项税额控制数与增值税申报表中的本期进项税额核对，若前者明显小于后者，则可能存在虚抵进项税额和未付款的购进货物提前申报抵扣进项税额的问题。
3.销售额分析。将损益表中的当期销售成本加上按成本毛利率计算出的毛益额后，与损益表、增值税申报表中的本期销售额进行对比，若表中数额小，且差距较大，则可能存在销售额不入帐、挂帐或瞒报等问题。成本毛利率计算公式如下：
成本毛利率＝本年累计毛利额／本年累计销售成本×100%
第五条 将稽核发现的问题和疑点，分别不同情况作如下处理：
(一)对纳税人申报异常提出质询，并逐一记录质询情况，质询记录内容包括：纳税人名称、纳税人识别号、申报异常所属时期、销售额变动率及税负率、答复人姓名以及答复情况等。
(二)对申报异常且无正当理由的纳税人应填写《增值税待查对象通知》，送交检查；申报异常现象特别严重或有较大偷骗税嫌疑的，填写《增值税待查对象特急通知》送交专案检查。
(三)质询记录、待查对象通知和检查情况所报资料要随时复核，定期统计并报主管领导审阅。
第六条 对稽核阶段未被列入检查对象的纳税人，应定期随机抽取一定数量的待查对象送交检查。对该类纳税人的检查间隔(即实施两次检查之间的时间)最长不得超过3年。
