职能调整
1.全国自然保护区规划、生态脆弱区规划的具体拟定工作转移至中国环境科学研究院和南京环境科学研究所；
2.乡镇企业环境管理职能划给污染控制司；
3.新增生物技术环境安全管理和荒漠化防治、湿地保护监督职能；
4.新增农村生态环境保护职能。
主要职责
1.拟订全国生态保护、自然保护区及生物技术环境安全管理、海洋环境保护的政策、法规、标准、并监督执行；
2.组织编制全国及重要区域、流域生态保护规划、自然保护区规划、生物多样性保护计划、近岸海域环境功能区划、农村环境保护规划，并监督实施；
3.组织国家级自然保护区评审，提出新建各类国家级自然保护区的审批建议；
4.监督管理国家级自然保护区，监督检查各种类型自然保护区及风景名胜区、森林公园的保护管理工作，监督指导生态旅游发展工作；
5.监督检查生物多样性保护、野生动物植物保护和珍稀濒危物种进出口管理工作；
6.负责履行有关环境保护国际公约的国内协调与业务指导工作(公约包括生物多样性公约、荒漠化防治公约、湿地保护公约)，管理生物技术环境安全工作；
7.监督自然资源开发利用活动中生态环境保护工作，指导和监督矿区复垦、重大生态环境建设、生态破坏恢复整治、荒漠化防治和湿地保护工作；
8.管理、协调和监督全国海洋环境保护工作，监督管理海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作。
生态环境管理处(简称生态处)
1.拟订生态保护法规、规章和标准，并监督执行；
2.组织拟订全国生态保护规划和重要区域、流域生态保护规划，并监督实施；
3.拟订省域生态环境质量的综合考核办法，并组织考核；
4.组织对以影响自然生态环境为主的资源开发建设项目的环境影响报告书(表)的审查，提出审批建议，并负责相应项目的“三同时”监督管理工作；
5.指导矿山生态破坏的恢复治理，监督重大生态破坏的限期治理，调查全国生态破坏与退化的现状，并提出恢复、治理的对策；
6.拟订生态补偿政策，并组织实施；
7.管理农村生态环境保护工作，指导全国生态示范区和生态农业建设；
8.监督、指导有机食品发展工作；
9.监督、指导荒漠化防治和湿地保护工作。
自然保护区与物种管理处(简称保护区处)
1.拟订有关自然保护区建设、管理的政策、法规、规章和标准，并监督执行；
2.组织编制全国自然保护区发展规划和区域规划、审查国家级自然保护区总本规划，并监督实施；
3.组织新建国家级自然保护区评审工作，拟订审批建议；
4.组织自然保护区的考核与评比，监督检查各种类型自然保护区、风景名胜区、森林公园的保护管理工作，监督指导生态旅游发展工作；
5.指导环境保护系统管理的自然保护区和珍稀濒危物种繁育基地的建设和管理；
6.监督检查野生动植物保护和珍稀濒危物种进出口管理工作，编制中国动植物红皮书；
7.监督检查生物多样性保护工作，编制、修订生物多样性保护规划、计划，并监督实施；
8.拟订生物技术环境安全管理法规、规章及指南，并监督实施。
海洋环境管理处(简单海洋处)
1.拟订海洋环境保护的政策、法规、规章和标准，并监督执行；
2.组织拟订国家海洋和国家重点保护海域的环境保护规划和计划，并监督执行；
3.编制全国近岸海域环境功能区划，并监督实施；管理海岸带(近岸海域与沿海陆域)环境保护综合管理的试点工作；
4.监督管理陆源污染物损害海洋环境的污染防治工作，拟定重点海域入海污染物排放总量控制计划，并监督入海水的达标排放工作；
5.监督管理海岸工程、拆船等海洋环境污染防治工作；
6.指导海洋环境保护的统计工作；
7.负责防止采挖海岸砂石及保护海岸、红树林、珊瑚礁等海洋生态环境保护工作；
8.指导全国近岸海域环境监测网工作，组织建立海洋环境管理信息系统。
八、核安全与辐射环境管理司(国家核安全局，简称核安全司)
主要职责
1.拟定核设施安全、辐射防护和放射性废物监督管理的政策、法规、标准和技术导则，并监督执行；
2.负责新建和运行核电厂的核安全监督管理；
