5.建立和组织实施有关环境保护工程设计、环境保护设施运营资质认可和环境保护产品认定等制度；
6.协调环境保护技术引进工作。
六、污染控制司(简称污控司)
职能调整
1.组织实施全国污染物排放总量控制计划能划给规划与财务司；
2.履行气候变化框架公约的国内协调与业务指导工作划给科技标准司；
3.调查重大环境污染事故和协调省际污染纠纷的职能划给监督管理司；
4.重点流域、区域污染防治规划的具体拟订工作转移至中国环境科学研究院；
5.有毒化学品登记和风险评价工作转移至国家环境保护总局化学品登记中心；
6.固体废物进出口审批前的技术审查工作转移至中日友好环境保护中心；
7.划入乡镇企业污染监督管理职能。
主要职责
1.拟订有关水、大气、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车的污染防治政策、法规、规章和标准，并监督执行；
2.拟订城乡环境综合整治及城市定量考核制度和办法，并组织实施，组织创建国家环境保护模范城市，监督检查城市环境功能达标工作；
3.组织全国水、大气、噪声环境功能区划分工作；
4.拟订国家重点流域水污染防治规划和酸雨控制区、二氧化硫控制区的污染防治规划，并监督实施；
5.组织实施排污申报登记与排污许可证、污染源限期治理及污染源达标排放制度，并监督检查；
6.组织实施危险废物经营营许可、有毒化学品进出口登记管理、行政代执行制度，拟订国家限制进口的废物名录、有毒化学品优先控制名录，承担危险废物越境转移和固体废物进出口审批工作；
7.组织机动车污染监督管理工作；
8.负责履行有关环境保护国际公约的国内协调与业务指导工作(公约包括巴塞尔公约、化学武器公约、持久性有机污染物控制公约、PIC公约、
保护臭氧层维也纳公约、蒙特利尔议定书)。
综合处
1.拟订城乡环境综合整治和工业污染防治的综合性政策、法规和规章；
2.组织实施排污申报登记与排污许可证制度、污染源限期治理制度；
3.组织工业污染源达标排放和城市环境质量按功能达标工作；
4.拟订城市定量考核和国家环境保护模范城市的指标体系及管理办法，并组织实施；
5.提出限期淘汰严重污染环境的生产工艺和设备名录建议，指导清洁生产；
6.负责司内综合性工作。
水污染控制处(简称水处)
1.拟订水污染防治的政策、法规、规章和标准，并监督执行；
2.拟订重点流域水污染防治规划，并监督实施；
3.组织全国水环境功能区划分工作；
4.拟订重点江河跨省界水质标准，并监督执行；
5.拟订饮用水源保护条件和饮用水水源保护区划发办法，并监督执行；
6.审查重点城市的水污染防治规划，并指导实施；
7.组织协调《联合国环境规划署亚太地区工业环境管理工作网》中国网(有关水环境)的工作；
8.指导地方和流域水污染防治工作。
大气与噪声污染控制处(简称大气处)
1.拟订大气、噪声污染防治的政策、法规、规章和标准，并监督执行；
2.编制酸雨控制区、二氧化硫控制区污染防治规划，并监督实施；
3.组织机动车新车排放、噪声达标检验工作以及在用车排放、噪声的年检和抽检；
4.组织重点城市噪声功能区划分和全国城市噪声达标区建设工作；
5.指导防治酸雨、臭氧层破坏的有关工作。
固体废物与有毒化学品管理处(简称固体处)
1.拟订固体废物、危险废物、有毒化学品环境管理政策、法规、规章和标准，并监督实施；
2.建立有毒化学品(包括农药)和危险废物环境风险评价和登记制度，并指导实施；
3.组织固体废物、危险废物的申报登记工作，推行危险废物转移报告联单、经营许多可证制度；
4.拟订国家限制进口的废物名录、有毒化学品优先控制名录；
5.承担固体废物进出口审批及管理工作；
6.承担销毁化学武器的环境监督管理工作。
七、自然生态保护司(简称自然司)
