3.参与制订国民经济与社会发展规划与计划、国土整治规划和生态环境建设规划，审核重点城市总体规划中的环境保护内容；
4.组织对区域经济开发、产业发展、资源能源节约和综合利用规划及其他重大经济开发计划规划进行环境影响评价；
5.拟订全国污染物排放总量控制计划中国跨世纪绿色工程规划及其实施方案，并组织实施；
6.审核环境保护系统收费和收费标准，管理总局机关、派出机构和直属单位的事业经费、外事经费、科技经费、专项经费和预算外经费；
7.负责国家补助的重大环境保护项目、环境保护系统基本建设项目的管理工作，归口管理技术示范工程项目；
8.负责向国家政策性银行推荐重点地区和流域的重点治理项目；办理环境保护项目进、出口减免税手续；
9.负责编制利用外资计划，并负责与国家计委等部门的联系；
10.指导环境统计、环境信息工作，组织编制环境状况公报和环境统计年报，审核以总局名义对外发布的环境统计信息报告。
综合处
1.拟订环境经济政策，并负责与国家有关综合经济部门的协调；
2.审核环境保护系统各类收费、罚款、基金和集资项目，并监督检查执行情况；
3.拟订环境保护基金方案，负责建立环境保护基金的协调工作；
4.负责编制利用外资计划，并负责与国家计委等部门的联系；
5.拟订我国环境保护领域对世界贸易组织(WTO)、亚太经合组织(APEC)的开放政策和战略，拟订环境保护外商投资企业的政策和办法；
6.参与国家产业、税收、价格、信息、对外贸易等项经济政策的拟订和修改工作；
7.负责司内综合性工作。
规划与统计处(简称规划处)
1.编制国家环境保护规划、计划，参与编制国家可持续发展纲要，管理全国环境专项规划、计划的协调、审查和报批工作；
2.参与制订国民经济与社会发展规划、国土整治规划和生态环境建设规划；
3.组织对区域经济开发、产业发展、资源能源节约和综合利用规划的环境影响评价工作；
4.组织审核城市总体规划中的环境保护内容；
5.拟订全国污染物排放总量控制计划及其方法指南和实施方案，并监督实施；
6.拟订环境统计、环境信息管理制度，组织编制环境统计和环境信息规划与计划，并组织实施；
7.组织编制国家环境保护状况公报和国家环境白皮书，审核以总局名义对外发布的环境统计信息报告。
投资与财务处(简称投资处)
1.拟订并组织实施中国跨世纪绿色工程规划；
2.负责国家补助的重大环境保护项目、环境保护系统基本建设项目的立项、计划、监督、竣工验收工作；
3.编制环境保护事业费、预算外资金、科研事业费、外事经费和住房改革经费收支计划，承办经费的申请和核拟工作；
4.负责总局系统国有资产清查、申报登记、评估立项、资产处置审核和统计年报工作；
5.负责总局基建经费、事业经费、预算外资金、科研事业费、住房改革经费以及科技三项费用、人才交流经费等项经费的会计核算和年度财务报告工作；
6.签订、审核、管理涉及总局机关和总局派出机构、直属单位重大经济合同、贷款协议；
7.负责总局系统职工住房制度改革工作，管理住房基金与住房公职金；
8.拟定总局系统有关基建管理、财务管理及国有资产管理内部规章制度并组织实施；
9.负责总局系统会计人员从业资格的审核与申报工作；
10.负责总局系统在京单位社会集团购买力与车辆定编的管理。
三、政策法规司(简称法规司)
职能调整
1.中国环境与发展国际合作委员会的国内联系工作转移至国家环境保护总局环境保护对外合作中心“国合会”秘书处；
2.新增组织对重大经济和技术政策进行环境影响评价工作。
主要职责
1.拟订国家环境保护综合性方针、政策和国家环境保护发展战略；
2.负责全国环境保护综合性会议文件和其他重要文件、报告、讨论的起草工作；
3.组织对重大经济和技术政策进行环境影响评价；
4.组织拟订环境保护综合性法律、法规、规章，归口管理环境保护专项法律、法规和规章的协调、审查与报批工作；
