1.拟订总局机关公文与档案管理办法，并监督执行；
2.负责党中央、国务院及各部门、地方政府及环境保护部门等来文来电和局内呈报总局领导各类(签报)请示、报告的运行和管理；
3.负责总局机关发文的核稿、登记、送签、编号；
4.指导总局机关各部门和总局派出机构、直属单位的公文管理工作；
5.负责总局机关保密工作，管理机要文电，承担总局保密委员会办公室日常工作；
6.负责总局远程站管理和传输工作；
7.管理总局、总局党组和局长名印章的使用；
8.指导总局档案资料室的业务工作。
信访办公室(简称信访办)
1.拟定环境保护信访工作办法和办理全国人大代表建议、全国政协委员会提案的规定，拟定环境保护信访管理方面的规章制度并贯彻执行；
2.负责热闹待反映环境保护方面的上访人员，对上访人员反映的重大环境污染纠纷和建议提出办理建议，定期编写来访摘要；
3.负责办理反映环境保护方面的群众来信，对群众来信中反映的重大环境污染纠纷和建议提出办理建议，定期编写来信摘要；
4.归口办理领导及上级部门批办的人民群众来信，并负责督量；
5.负责组织全国人大代表和全国政协委员提出的有关环境保护方面的建议、议案和提案的办理工作，对办理情况进行检查和督办，汇总和上报答复意见；
6.负责指导全国环境保护系统的信访工作；
7.对长期滞留在京及干扰总局机关正常办公的上访人员提出遣反建议，并配合中办、国办信访部门和公安部门收容与遣返上访人员；
8.负责全国环境保护系统信访工作情况的统计工作。
宣传教育办公室(新闻办公室，简称宣教办)
1.拟订和组织实施环境保护宣教和新闻出版规划；
2.指导和协调环境保护新闻宣传和舆论监督工作，推动公众和非政府组织参与环境保护；
3.承办环境保护社会表彰和国际环境奖项的推荐工作；
4.审核涉及环境保护全局性工作及重大活动的新闻报道、社论和重要文稿；
5.负责组织总局的新闻发布工作；
6.归口管理环境保护教育和培训工作；
7.指导地方环境保护宣传教育队伍建设和业务工作。
机关财务处(简称财务处)
1.拟订总局机关行政经费管理办法、财务管理办法和国有资产管理办法，并监督执行；
2.编报总局机关行政经费和预算外资金的年度预算、决算以及各类会计报表；
3.办理总局机关各项经费开支的审核报销和帐务工作；
4.办理银行支票和现金出纳，办理外汇支票和外汇出纳；
5.办理机关在职人员在住房公积金的计算汇缴业务，代扣代交个人所得税；
6.审核和编报总局机关购买控制物品的申请，管理总局机关固定资产帐务，编报总局机关国有资产年度报表；
7.按月发放总局机关工作人员和离退休人员工资和福利津贴；
8.编制总局机关和在京总局派出机构、直属单位工作人员的补贴年度瞀、决算及季报，并按季下拨。
信息技术办公室(简称信息办)
1.制订并组织实施总局机关计算机网络技术方案；
2.负责总局机关计算机网络及设备的运行和维护；
3.承担办公自动化软件的开发、运行和维护；
4.为总局机关提供环境信息服务；
5.负责总局机关人员的计算机使用培训；
6.指导“地球站”的业务工作。
二、规划与财务司简称规划司
职能调整
1.环境统计的技术性和事务性工作转移至中国环境监测总站；
2.环境信息的技术事务性工作转移至国家环境保护总局信息中心；
3.自然资源核算职能转移至国家环境保护总局环境与经济政策研究中心；
4.环境工程设计资格认证管理工作划给科技标准司；
5.环境保护规划的具体拟定工作转移至中国环境科学研究院；
6.划入组织实施全国污染物总量控制计划职能；
7.新增组织对区域经济开发、产业发展、资源能源节约和综合利用规划及其他重大经济开发计划规划进行环境影响评价。
主要职责
1.拟订环境保护规划、统计、信息、财务管理等方面的规章、制度及环境保护经济政策，并监督执行；
2.组织编制国家环境保护规划、计划，参与编制国家可持续发展纲要，归口管理全国环境保护专项规划、计划的协调、审查与报批工作；
