(五)关于财务及经费管理
国家和地方各级药品监督管理局及其直属机构，按照国家规定，将罚没收入和行政事业性收费及时、足额上缴财政，实行收支两条线管理。
根据行政监督和技术监督的需要，国家药品监督管理局所需经费由中央财政给予保证；其直属事业单位的所需经费，应参照国家机关的经费标准，由中央财政给予保证。
地方药品监督管理系统所需经费，由省级财政部门列入省级财政预算，统一核定，拨付到省级药品监督管理部门统一管理。原有经费渠道、经费额度相应划转到省级财政，并以1999年的实际支出为基数，根据不同的人员编制列入行政费和事业费。随着医药经济的发展和监管业务工作的增加，经费也相应予以增长。
地方各级药品监督管理局的人员经费、公用经费、抽验经费、办案经费、专项经费、装备经费、基本建设经费等，由省级财政部门根据药品监督管理工作的实际需要及事业发展情况，保证给予安排；其直属技术机构的经费，应参照政府机关的经费标准，由省级财政给予保证。在核定预算时，以1999年的实际支出为基数，对编制内人员经费按当地一般水平予以保证；对公用经费按照高于当地一般行政部门50％的标准安排；对开展监督、检验的专项支出，省级财政要从经费上给予保证；对技术装备、基本建设等经费，根据工作需要，按项目予以安排。
药品抽验原则上不再收取费用，其抽验费用由中央、省级财政予以专项拨款。
由中央财政每年安排国家药品监督管理局专款，用于补助省级财政困难的药品监督管理系统为加强药品质量监督、药品检验、打假办案等经常性开支所需费用。
由中央财政用3年的时间安排国家药品监督管理局一次性专项经费，用于药品监督管理系统添置及更新改造陈旧落后的检测设备、执法技术装备和加强基础设施建设。
中央财政按项目管理的方式，对药品监督管理系统技术机构的重大技术装备、技术改造、基本建设等经费，给予重点安排。
为了加强药品监管力度和建立完善的药品监督体系，需要加强对国家级药品检验、药品不良反应检测等直属技术机构的建设，所需经费分别向财政部和省级财政申报。
(六)其他
计划单列市及其他副省级市药品监督管理局，接受所在地省级药品监督管理局的业务领导，其正、副局长实行省市双重管理，以市为主，所在地省级药品监督管理局协助；财务经费管理按现行办法不变。
三、改革的组织实施与工作要求
