在一个申报纳税窗口中，一人临窗受理纳税人的申报资料及抄报税、认证资料，并负责处理申报事宜；另一人在后台，负责处理纳税人的抄报税事宜。具体流程为，窗口接受纳税人的抄报税和申报资料后，由一人处理抄报税，完成后，将申报资料交由纳税申报人员处理申报事宜。
窗口计算机配置方式为，两个人员各配备一台PC机，其中，一台装有读卡器。
(三)模式三，“一窗一人”
在一个申报纳税窗口中，一个税务人员按照先抄报税、认证，后申报的顺序临窗受理纳税人的抄报税、认证和申报事宜
窗口计算机的配置方式为，两台PC机，共享一台显示器、键盘和鼠标，在两台PC机上分别运行报税子系统与征管系统的客户端程序，通过转换器进行系统切换。“窗口”接受纳税人的抄报税和申报资料后，由一人通过转换器依次处理抄报税和申报事项。
三、管理流程
“一窗式”管理流程的要点为：税务机关在一个窗口受理抄报税、认证和纳税申报。每个纳税人进入办税大厅后，直接到纳税申报窗口递交纳税申报资料、抄报税IC卡或软盘以及需认证的发票抵扣联(抵扣联认证量大的也可单设窗口办理)，然后由负责受理工作的税务人员依照先操作抄报税、认证，再操作纳税申报的顺序进行。抄报税和认证信息先由防伪税控系统采集，并形成接口文件。在受理纳税人申报时，必须用防伪税控报税系统采集的专用发票存根联销项信息比对纳税人申报的防伪税控系统开具的销项信息，同时用防伪税控认证系统采集的专用发票抵扣联进项信息比对纳税人申报的防伪税控系统开具的进项信息，从而达到在申报系统中即时比对的目的。
具体流程为：
(一)认证环节
具体操作按规定的流程处理。
由于企业可能多次到税务局办理认证业务，每次办理业务可能在不同的窗口，因此，税务局操作人员应在月末将多台认证工作站的认证结果数据库合并成一个数据库，然后通过认证子系统提供的接口文件生成功能，统一生成各企业认证汇总数接口文件。
(二)抄报税环节
具体操作按规定的流程处理。
(三)申报环节
1、申报资料要求
增值税一般纳税人进行申报纳税时，必须按照申报要求详细填写申报表及其附表资料，并按照主管税务机关的要求报送申报表、附表资料及其它相关资料，实行电子申报方式的还需报送相应的磁介质。
2、申报、对比
在处理纳税人申报时，增加如下比对规则：
(1)销项：
申报的防伪税控系统开具的销项发票总金额＝报税系统“正常发票金额”；
申报的防伪税控系统开具的销项发票总税额＝报税系统“正常发票税额”
(2)进项：
申报的防伪税控系统开具的进项发票总金额≤认证系统“认证相符发票金额”；
