中央与地方两级医药储备所需资金分别由国务院及各省、自治区、直辖市人民政府负责落实。
中央医药储备所需资金，由财政部会同国家医药管理局在清理现存医药储备资金(2亿元左右)的基础上，再安排3.5亿元增补资金。增补的3.5亿元资金由中央财政安排专项拨款，分3至4年到位；不足部分，由银行安排贷款，贷款必须专款专用，不得挤占挪用，贷款利息列入储备费用。
地方医药储备所需资金，由各省、自治区、直辖市人民政府根据需要，参照各地区医药储备资金建议规模(见附件)，商国家医药管理局等有关部门确定储备规模，负责落实储备资金，保证完成确定的医药储备任务。
中央与地方医药储备资金的具体落实办法，由国家医药管理局会同财政部、中国人民银行、中国工商银行制定，在本通知发布后2个月内下发。
国家医药管理局和省、自治区、直辖市药品生产经营行业主管部门要加强对医药储备资金的管理，严禁将医药储备资金挪作他用，要堵塞漏洞、杜绝浪费，保证医药储备资金的安全和保值。要制定严格的医药储备有偿调用办法。医药储备调出后，调出方要及时收回货款。申请动用储备医药的地方，由地方人民政府负责偿还货款。财政、审计、经贸委(计经委)等有关部门和银行要加强对医药储备资金的监督，确保医药储备资金的安全和有效使用。
三、加强医药储备管理，确保及时有效供应
国家医药管理局和省、自治区、直辖市药品生产经营行业主管部门分别负责中央与地方医药储备的组织实施工作。由国家医药管理局根据规划指定的药品生产经营企业承担中央医药储备任务，由省、自治区、直辖市药品生产经营行业主管部门指定的药品生产经营企业承担地方医药储备任务，要做到政企分开、各负其责。承担医药储备任务的企业，要加强内部管理，除确保药品和医疗器械的安全、有效外，还要注意搞好经营，增强风险意识，不断提高自我发展能力，保质、保量地做好医药储备工作。
中央医药储备的药品和医疗器械品种和数量，由国家医药管理局商卫生部和有关单位确定；地方医药储备的药品和医疗器械品种和数量，由省、自治区、直辖市药品生产经营行业主管部门参照中央医药储备的药品和医疗器械品种、数量，结合当地具体情况商卫生主管部门和有关单位确定，并报国家医药管理局备案。
医药储备实行品种控制、总量平衡、动态管理。承担医药储备任务的企业，要按照科学、合理的储备周期，制定相应的轮换办法，在确保储备品种和数量的前提下，及时对储备药品和医疗器械进行轮换。有关医药生产企业要优先满足承担储备任务企业对储备药品和医疗器械的收购需要。
为确保储备药品和医疗器械及时有序地调运到急需地区，对储备药品和医疗器械的调用，实行集中统一领导和协调。动用中央医药储备由国家经贸委审批；动用地方医药储备由各省、自治区、直辖市人民政府指定的部门审批；国家医药管理局和省、自治区、直辖市药品生产经营行业主管部门分别负责组织实施工作。按规定程序和有偿的原则，经国家经贸委审批，国家可根据需要调剂、调用地方储备；地方需要动用中央储备予以支持时，经国家医药管理局审核，可向国家经贸委提出申请。
