第五条 “西部之光”计划资助的项目采取自下而上申报评议的办法确定，先由个人根据地方的需求或协调小组发布的项目指南提出立项申请，经单位初审后报协调小组办公室，再由协调小组组织专家委员会审议，遴选出合格项目报中国科学院审定并公布。
第六条 申报“西部之光”计划资助的青年科技人员应热爱西部，有为西部地区的发展而拼搏奉献的精神。在科学研究工作中应有较好的积累和扎实的基础，曾独立主持或参与负责过一项课题的全过程并取得了绩效(如发表过论文，取得过专利，解决过社会经济发展中的科技问题等)。有5个以上的科研小组且组内同志的年龄、学历学位、知识专业等结构合理。申报人的年龄一般不超过40周岁，并有硕士及以上学位或副研究员职务。
第七条 申报“西部之光”计划资助的项目，一般以中国科学院院内的青年科技人员为主。但每年也可遴选少数院外青年科技人员负责、有院内科技人员参加合作的项目。
第八条 中国科学院对每年各地区报院审定的项目实行总量控制和经费总额控制，由小组组织的专家委员会在审议项目时，提出经费分配建议，经协调小组平衡审核后报院。院下达给各地的经费额度将和各地对“西部之光”计划的组织和管理以及项目的绩效挂钩，不搞平均分配。
第九条 各单位应对“西部之光”计划资助的项目给以积极的扶持，为他们提供必要的科研实验条件，配备科技力量和研究生招生指标，对项目负责人要大胆放手使用，适时把他们聘任到重要岗位上。协调小组也要把对单位申报项目的支持强度与单位对项目的管理以及绩效挂钩。
第十条 要加强对项目的检查考核和评估。年度检查考核以用人单位为单元组织进行，各单位应及时将考核情况通报协调小组及中国科学院。3年后的终期评估以地区为单元组织进行，由协调小组组织终期评估专家组，对项目作出综合评估意见，中央组织部和中国科学院可派出检查员参加各地区的终期评估。中央组织部、中国科学院不定期地组织被资助项目的交流和绩效评价。
第十一条 本补充意见从1999年开始实施。由中国科学院人事教育局负责解释。
