（一）对预算编制的监督检查：包括预算的编制是否符合国家的法规、方针政策和财务制度的规定，是否体现单位职责履行和中心工作任务完成的需要，收入预算是否积极可靠，支出预算是否贯彻了综合预算、统筹安排，保证重点、兼顾一般的原则，预算编制是否收支平衡、数字准确、内容完整、说明清楚，是否按规定的程序与要求编报。
（二）对预算执行的监督检查：预算收入是否依法按计划实现，收支预算进度是否与单位行政工作任务和事业计划相适应；各项应纳入单位预算的收入是否纳入单位预算，有无隐瞒预算收入等问题；各项收费是否符合规定的范围和标准收取，应缴财政预算和财政专户的收入是否按规定及时、足额上缴，并实行“收支两条线”管理；各项支出是否符合有关法律、法规制度、办法规定；是否按预算管理规定和批复的范围、内容办理支出；预算执行过程中所发生的追加、减少事项是否符合规定的要求；项目实施进度与资金的使用是否一致，项目完成后项目单位是否组织验收，资金使用效益如何；有无违反政府采购和财政国库管理制度改革有关规定，违规使用资金；预算资金的请领拨付是否及时，以及年度财务决算报告是否真实、准确、完整，并及时报审等。
（三）其他方面的监督检查：是否建立了单位内部预算管理制度，预算管理各环节的文件、资料是否齐全、完整等。
第四十九条 各单位要根据监督检查情况，加强研究与分析并写出监督检查总结报告。对发现的问题，要区分不同情况、不同性质，分别提出不同的处理意见或改进措施，各主管单位要督促有关方面认真、及时地整改，并对违反预算管理行为进行处理。
第五十条 各单位应建立绩效考评制度，对项目执行情况进行全面总结，追踪问效，不断提高项目资金的使用效益。
第五十一条 项目绩效考评按“统一组织、分级实施”的管理方式，由水利部统一组织，各单位分级实施。
第五十二条 各单位应编制本单位项目评价计划，对本单位的项目开展绩效考评工作，并将评价报告报上级预算主管部门。水利部或由水利部委托有关单位对项目评价情况进行定期抽查。
第五十三条 违反本办法，有下列行为的，要追究单位和有关人员的责任：
（一）虚报支出预算，隐瞒截留收入，骗取财政拨款；提供虚假数据、虚假财务报告，伪造、变造虚假合同、发票，以及其他违反财政法规行为的，按国家有关违反财政法规处罚规定追究责任单位（部门）、单位（部门）负责人和相关责任人的责任。
（二）不按批准预算执行，办理无预算、超预算支出，擅自改变预算资金的性质和使用范围，用财政拨款收入安排自筹基建支出、用财政性资金进行对外投资的，挤占、挪用专项资金，造成损失浪费的，除暂时停止审批单位项目经费外，对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人按有关规定严肃处理。
（三）预算单位不按规定编报年度预算、预算执行情况报告和财务报告的，由上级主管部门给予单位通报批评。情节严重的，要追究单位负责人，财务负责人和其他直接责任人的责任。主管单位不按规定审核、批复、下达预算单位收支预算和审核、批复财务报告的，要追究主管单位财务负责人和其他直接责任人的责任。
