（２）未独立核算，或虽独立核算，但会计核算不规范、管理制度不健全，不符合《
会计法》和“两则”、“两制”要求的采矿权人，不能正确核算其应纳矿产资源补偿费矿产品销售收入的，其应纳矿产资源补偿费矿产品销售收入按规定参照当期同类矿产品市场平均价格进行核定。
２．加强矿产资源补偿费费率的审核。矿产资源补偿费的计征费率要严格执行《
矿产资源补偿费征收管理规定》中确定的费率，非经法定程序，不得擅自降低或提高。
（二）加强矿产资源补偿费减免的管理与监督。减征、免征矿产资源补偿费必须符合国务院１５０号令及有关法律、法规的规定，不得擅自审批、越权减免，并做到记录清楚，数字真实、准确，手续完备。
（三）加强矿产资源补偿费上解入库的管理与监督。征收的矿产资源补偿费必须按规定及时、足额、就地缴入中央国库，不得延缴或缓缴。有特殊情况需要集中入库的，需按规定报经有关部门批准。
（四）加强矿产资源补偿费收入退库的管理与监督。补偿费收入退库要严格按《矿产资源补偿费收入退库管理办法》办理。征收机关在收到采矿权人“矿产资源补偿费收入退还申请书”后，必须按规定认真审核，并按规定的程序和时限报请审批机关审查批准后，由有权签发“收入退还书”的机关签发“收入退还书”。各省（市、区）地矿行政主管部门收到国库退回的矿产资源补偿费，必须及时退还给采矿权人，不得故意延压、挪用或占用。
三、加强矿产资源补偿费的票据管理
矿产资源补偿费征收专用票据，是征收矿产资源补偿费使用的专用凭证。主要有“矿产资源补偿费专用缴款书”、“矿产资源补偿费自收汇缴专用收据”和“收入退还书”三种。各级地矿行政机构的财会部门要严格按照《
矿产资源补偿费专用票据管理办法》的规定，加强票据的管理与监督：
（一）征收矿产资源补偿费、办理矿产资源补偿费收入退库，必须按规定开具缴款书、专用收费收据和收入退还书，不得使用规定以外其他任何形式的票据。
（二）有银行账号、独立核算的采矿权人缴纳矿产资源补偿费时，使用“矿产资源补偿费专用缴款书”；各级征收机关征收无银行账号，未独立核算的采矿权人（含集体、个体和代扣代缴义务人）缴纳矿产资源补偿费时，使用“矿产资源补偿费专用收据”；办理矿产资源补偿费收入退库，使用“收入退还书”。
