管理中心根据承担企业提供的有效借款合同及该项目从管理中 心受理其申请到合同规定完成时间期间的有效付息单据，将应补贴数额分批拨付承担企业：首次拨付80％，待项目完成并经验收后再拨付其余20％。
第七条 申请贴息并要求管理中心协助落实贷款的项目，由管理中心推荐给有关金融机构进行贷款评估及发放贷款。
第八条 采取无偿资助方式，每个项目的资助数额一般不超过100万元，个别重大项目最高不超过200万元，并且承担企业须有等额以上的自有匹配资金。
第九条 无偿资助一般采取分批拨款方式，首次拨付70％，待项目完成并经验收后再拨付其余30％（其中资助数额超过100万元的项目，首次拨付60％，根据项目进展情况再拨付20％，待项目完成并经验收后再拨付其余20％）。
第十条 采取资本金（股本金）投入方式，创新基金投入数额一般不超过企业注册资本（总股本金）的20％，具体办法另行制定。
第三章 创新基金的使用与预决算
第十一条 创新基金的主要开支范围包括创办企业的启动资金、扩充资本金、新产品开发及试制、购置仪器设备及与项目直接有关的其他支出。
第十二条 管理中心的管理费用实行预决算管理，报财政部批准后从创新基金利息中列支。管理费用主要用于管理中心在管理创新基金工作中的办公、调研、会议、咨询、信息管理等必要开支和支付给评估、评审、招标及其它有关单位的评估费、评审费。
第十三条 创新基金实行预决算管理。预算由管理中心编制后通过科技部报财政部审批。决算由管理中心按财政部要求编制，并经财政部委托的中介机构审计后，通过科技部报财政部。
第十四条 各有关用款单位应按要求及时、准确地编报决算，并附送有关项目进展、经费使用效益等情况的书面材料。
第四章 创新基金的管理与监督检查
第十五条 创新基金由科技部负责管理，并接受财政部监督。科技部要定期向国务院报告创新基金的使用情况。
第十六条 根据创新基金年度工作计划，财政部每年分二批将创新基金专项经费经科技部拨入管理中心专用帐户。
第十七条 管理中心负责创新基金的运作和日常管理，包括签订合同、领拨款及帐务处理、预决算编制等。
第十八条 创新基金项目建议报科技部、财政部批准后，由管理中心与承担企业签订合同，并据此办理拨款等手续。
