地方财政、环境保护行政主管部门可以根据国务院财政、环境保护行政主管部门编制的环境保护专项资金申请指南，制定本地区环境保护专项资金申请指南，指导环境保护专项资金的申报和使用。
第十五条 申请作用中央环境保护专项资金的，应当按照以下程序及要求进行申报：
（一）申报程序：中央环境保护专项资金按照隶属关系以项目形式申报。项目组织实施单位或承担单位为中央直属的，通过其主管部门向国务院财政部门和环境保护行政主管部门提出申请；项目组织实施单位或承担单位为非中央直属的，通过其所在地的省、自治区、直辖市财政、环境保护行政主管部门联合向国务院财政、环境保护行政主管部门提出申请。
（二）申请材料要求：申请材料分正文和附件两部分，正文为申请经费的正式文件，附件为每个项目的可行性研究报告。
项目可行性研究报告内容包括：项目的目的、技术路线、投资概算、申请补助金额及使用方向、项目实施的保障措施、预期的社会效益、经济效益、环境效益等。
申请使用贷款贴息的单位，还应当提供经办银行出具的专项贷款合同和利息结算清单。
第十六条 国务院环境保护行政主管部门对申报中央环境保护专项资金的项目进行形式审查后，国务院财政、环境保护行政主管部门应当组织有关专家进行评审，按项目的轻重缓急及专家评审结果排序，统一纳入项目库管理，并根据财力状况联合下达项目预算。
环境保护专项资金的拨付方式按国家有关规定执行。
第十七条 地方环境保护专项资金的申报、项目评审及预算下达参照本办法第十五条、第十六条执行。
第十八条 财政部门应当将环境保护专项资金纳入年度预算，按项目进度和资金使用计划及时拨付资金，并对环境保护专项资金的专款专用及其他配套资金的到位情况进行监督检查，确保项目按时完成。
第十九条 项目承担单位收到环境保护专项资金后，应当严格按照有关规定组织项目的实施。污染治理项目在实施过程中应当严格执行国家有关招投标管理规定。环境保护行政主管部门应当根据项目进度检查治理技术方案的实施以及污染物总量削减措施的执行。项目完成后，应当根据国家有关规定及时验收。
第二十条 各省、自治区、直辖市财政、环境保护行政主管部门应当于年度终了后的30日内，将排污费征收情况及环境保护专项资金使用情况年度报告上报国务院财政、环境保护行政主管部门。
