第四条 “专项”设项目和课题两个层次，采取“集成强化、动态评估、滚动调整、分年度实施”的管理方式。
第二章 组织管理
第五条 “专项”管理采取项目管理办公室、课题承担单位主管部门（部门科技司或省级科技厅）、课题承担单位分级管理的方式。
第六条 农产品深加工项目管理办公室由科技部农社司牵头，科技部计划司，农业部、教育部、国家粮食局、国家质量技术监督检验检疫总局、国家林业局、中华全国供销总社等部门科技司（局）和中国农村技术开发中心组成。办公室设在农社司，由农村中心负责日常管理工作。
项目管理办公室的主要职责是：
（一）发布招标指南，组织课题的公开招标、公开申报、专家评审，落实课题承担单位及签定课题任务书；
（二）监督、检查课题的实施，组织总体专家组对课题进行检查、考核，协调并处理课题执行中出现的有关问题；
（三）编制“专项”年度报告；
（四）负责组织课题的验收，按要求准备专项验收的有关文件资料，并提出项目验收申请。
第七条 “专项”成立项目总体专家组，主要职责是：
（一）协助项目管理办公室负责“专项”的整体实施，对农产品深加工技术与产业发展的宏观决策提供技术咨询，提出发展战略分析与政策建议；
（二）协助项目管理办公室对项目执行情况进行检查、考核、评估和验收等工作。
第八条 课题承担单位主管部门主要职责是：
（一）负责课题的管理与协调，定期检查课题具体执行情况，督促课题组按计划完成研究任务；
（二）落实配套资金及监督经费合理使用；
（三）协助项目管理办公室督促课题承担单位按要求汇总、上报课题年度执行情况报告及有关信息报表。
第九条 课题承担单位的主要职责是：
（一）主持单位负责课题任务和配套经费的落实、人员的组织配备、执行情况的检查和汇总，以及成果的示范、推广和宣传。各课题承担单位必须严格遵守课题任务书条款，认真履行任务书规定的义务，按期完成各项研究任务，实现课题预定目标。
（二）及时报告课题执行中出现的重大问题，接受项目管理办公室、主管部门和总体专家组的监督检查和管理；
（三）按要求编报课题年度执行情况和有关信息报表，提交课题验收的全部文件资料，进行档案归档和成果登记；
（四）对课题执行中产生的知识产权与技术成果进行积极有效的管理和保护，努力促进科技成果的转化。
