审查基建结余资金真实性，有无隐瞒、转移、挪用、隐匿结余资金。
审查基建收入是否真实、完整、有无隐瞒、转移收入。
审查核实投资包干结余，是否按投资包干协议或合同有关规定计取、分配、上交投资包干结余。
审查竣工决算报表的真实性、完整性、合规性。
评价投资效益。
第四章 审计程序
第十二条 审计前应对被审计单位发出审计通知书，如上级水利部门会同治理项目的水利主管部门共同审计，需统一组织审计组。上级水利部门下达的审计通知书应抄送参加审计的水利主管部门。
统一组织的审计组向参加审计的各级水利主管部门报告工作。
审计结束后，应由负责组织审计的水利主管部门做出审计结论和处理决定。
第十三条 对大江、大河、大湖治理资金的审计调查，被调查单位在接到审计调查通知以后，应组织审计调查自查工作，并提出自查报告。被调查项目的水利主管部门应汇总自查报告上报。
统一组织的审计调查应会同调查项目的水利主管部门统一组织调查组，对被调查的项目进行抽样调查，并提出调查报告。调查报告应抄送参加调查组的各级水利主管部门。
第五章 治理资金审计监督的方式和方法
第十四条 审计监督的方式。
一、按审计监督的性质分为审计和审计调查。
二、按组织形式分为：
1．由水利部统一组织，有关流域机构和省、市、自治区水利厅、局参加。
2．由省、市、区水利厅、局统一组织，地、县水利机构参加。
3．由部、流域机构及省、市、区水利厅、局分别组织。
第十五条 审计监督方法。
采取“点”、“面”结合，常规审计与专项审计结合，审计与审签结合，就地审计与报送审计结合。
各级审计机构的年度审计计划，应有治理资金审计的重点项目，把审计重点项目与面上工作相结合；把专项治理资金的审计与经常性审计相结合；对业务量少的项目可采取报送审计；对经济合同、用款、拨款计划等应建立审签制度。
第六章 治理资金的审计监督职责和分工
第十六条 水利部、流域机构及省、市、区水利厅局分别负责全国、全流域及全省、市、自治区治理资金管理、使用、效益审计监督；分别编制全国、全流域及全省、市、自治区治理资金的审计工作规划与年度工作计划，并分别组织实施审计监督。
