－－坚持创新与国家需求相结合。既要瞄准科技前沿，又要深入经济社会发展中的关键性基础问题。在前沿研究中创新理论、开拓新的应用；在解决实际问题中寻求新发现、新发明，同时获得必要的支持。两者相互结合、相互转化，形成科研工作本身的良性循环。
－－坚持有所赶、有所不赶。紧密结合国家确定的战略重点，集中力量在重点领域造成局部优势，实现重点突破；同时，考虑到基础性研究的不可预见性和各学科领域间的关联性，在总体部署上，要实行点面结合，注意协调发展。
－－鼓励多学科结合，促进新生长点的产生与发展。根据当今科技发展综合化的趋势，针对高等学校学科众多和科研组织单学科居多的实际，要加强学科交叉综合和科研队伍的联合与优化组配，逐步形成一批孕育新生长点与重大突破的学科群和研究群体。
－－实行统筹规划、分头实施、分类指导、分层次管理。将学科发展、科研基地建设、人才培养和重大项目研究四者结合起来，统一规划部署，分别纳入相应渠道付诸实施。对高等学校基础性研究所，科学研究中心，国家重点实验室，部门、地方重点（开放）实验室，校级研究机构等实行分类指导，分级管理，纳入各级科技系列予以支持。
－－坚持改革与发展相结合。以改革促发展，在发展中进行改革实践。当前高等学校科技体制改革要着重结构调整和人才分流，进一步完善运行机制和管理制度。
三、奋斗目标
到２０１０年，结合《
中国教育改革和发展纲要》的深入贯彻和“２１１工程”的组织实施，要力争实现以下目标：
（一）大大增强培养高层次科技人才能力，提高科技水平、教育质量。使若干所重点大学的整体水平进入世界先进行列；几十所重点大学真正办成既是教育中心、又是科研中心，其中部分学科点跃居世界先进水平；其他学校和学科点水平也有明显提高。
（二）建设好一批基础性研究骨干基地，造就一支精干高效的研究队伍。要建设和办好包括国家科学研究中心、国家重点实验室、基础性研究所等在内的２００个左右基础性研究重点基地，其中若干办成世界上有影响的学术中心；培养造就上千名优秀年轻学科带头人，上万名优秀年轻骨干，其中一些成为国际知名科学家。
（三）抓好一批重要科技领域与课题，取得一批重大成果，为“科教兴国”做出应有贡献。使基础性研究学科布局和课题设置趋于合理；研究内容进入世界科技前沿和经济社会发展中有重要带动作用的基础问题；部分领域达到世界先进水平，若干方面取得重大突破，居于国际领先地位。
（四）科技体制改革有明显成效。通过深化改革，使高校精干的基础性研究力量真正纳入国家科技系列，争取在“稳住一头”中得到稳定的经费支持，确立主力军地位。形成适应和促进社会主义市场经济发展，符合当今科技发展规律，研究工作与人才培养紧密结合，开放、流动、整体有序的基础性研究体制。
四、“九五”发展重点
“九五”期间，按照中央《决定》和国家科技领导部门的工作部署，高教系统要在全国部署基础上，着重抓好下列重点：
（一）“结合“２１１工程”重点学科建设和国家科研基地建设，着力抓好一批重点基础性研究基地。努力办好１５０个左右国家重点实验室和部门重点开放实验室；试点改革３０个左右主要从事基础性研究的科研所，创办１０个左右多学科综合交叉、跨校跨部门的科学研究中心。争取纳入国家重点支持的科研基地建设计划，逐步形成开放式、网点式的基础性研究体系。
（二）培养造就一批跨世纪学科带头人，并调整、改善基础性研究队伍结构。通过实施《跨世纪优秀人才计划》和争取“国家杰出青年科学基金”等，着重抓好千名左右代表国家科技、教育水平的重点基地学科带头人培养，并推动各主管部门和高等学校抓好各领域学科带头人培养。到２０００年，要形成一支层次结构合理、流动竞争、充满创新活力的基础性研究队伍，基本解决新老交替的突出问题。
（三）围绕“九五”国家发展目标，优选一批重点项目，组织精干队伍，稳定持续地开展研究。在注意协调发展，全局在有一个合适部署的基础上，选择约５０个左右既是科技发展前沿，又有重要应用前景或是经济社会发展中急待解决的共性关键基础问题的项目，争取部分纳入国家重点研究计划，部分纳入国家教委博士学科点专项科研基金或其他部门、地方的科研基金予以支持，以期取得更大进展和突破，对基础性研究和高层次优秀人才培养起较大带动作用，在国际上产生一定影响。
