３、科研机构改革的主要思路是：（１）按照科学研究的规律，借鉴国内外著名科研机构建设的有益经验，调整、优化科研资源的配置；（２）改变科研机构的传统建设模式，扭转机构重复设置、效率低下、人浮于事的局面，转变平均主义的分配方式；（３）通过深化改革，按照提高效率的原则，形成创新、竞争与合作的新机制，重组一批符合重点研究基地申报条件、具有解决复杂社会问题的综合研究能力和“思想库”、“人才库”功能的新型科研机构。
五、评选原则
１、重点研究基地的评选采取自下而上、自上而下相结合的方式，经过申报单位推荐、专家评审，最后由我部综合协调确定。
２、重点研究基地的评选标准，同本《计划》规定的建设标准。
３、评选工作贯彻科学、公正、注重质量和宁缺毋滥的原则，严格遵守在此原则基础上制定的工作程序。
４、评选工作采取先行试点、分步实施、成熟一个确定一个的原则。允许落选单位通过深化科研机构改革和创造条件后，再次申报。
六、建设经费与优惠政策
１、我部将根据需要与可能，确定每个重点研究基地建设经费的投入数额与周期。原则上对每个重点研究基地每年投入数十万元人民币的科研经费资助。部属高校的重点研究基地建设经费由我部投入；其他高校的重点研究基地建设经费，由其隶属的上级主管部门投入。重点研究基地所在学校必须按上级主管部门同期经费的投入数额以不少于１：１的比例另行投入，并以此作为申报条件。
２、重点研究基地可享受我部或上级主管部门提供的优惠政策，包括：优先获得我部和上级主管部门组织的重大科研项目和一般科研项目的资助；根据国家有关政策和规定，学术骨干可优先享受选派出国、出境进行学术交流，优先安排外国专家到重点研究基地进行学术交流；等等。
３、学校应为重点研究基地提供下列条件：（１）在科研编制、职称晋升、工资、住房待遇等方面享受政策倾斜。（２）对其服务性收入，特别是通过向社会提供咨询服务而获得的成果转让收入，应提高其留成比例，用于改善科研人员的工作条件和生活待遇。（３）学校图书馆应优先满足其图书资料特别是外文图书资料的定购需要。（４）力争举办一份国内外公开发行的学术刊物。
七、检查评估
１、实施单位定期检查重点研究基地建设计划的执行情况。
