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１３、“专用基金支出”和“其他专项支出”科目
新制度没有设置“专用基金支出”和“其他专项支出”科目。调帐时，如果“专用基金支出”和“其他专项支出”科目有余额，应将余额转入“在建工程”科目。
１４、“结余分配”科目
新制度也设置了“结余分配”科目，核算内容根据目前分配政策的调整有所变化。调帐时，可将“结余分配”科目余额直接转帐或沿用旧帐。
１５、“周转金”科目
新制度没有设置“周转金”科目。调帐时，应将“周转金”科目余额转入“事业基金”科目。
１６、“差额预算补助”科目
新制度没有设置“差额预算补助”科目。由于“差额预算补助”科目年末无余额，不存在调帐问题。
１７、“医疗收入”、“药品收入”和“其他收入”科目
新制度也设置了“医疗收入”、“药品收入”和“其他收入”科目，核算内容与原制度相同。由于“医疗收入”、“药品收入”、和“其他收入”科目年末无余额，不存在调帐问题。
１８、“制剂收入”科目
新制度没有设置“制剂收入”科目。由于“制剂收入”科目年末无余额，不存在调帐问题。
１９、“药品进销差价”科目
新制度也设置了“药品进销差价”科目，核算内容与原制度相同。调帐时，可将“药品进销差价”科目余额直接转帐或沿用旧帐。
２０、“预提费用”、“医疗预收款”、“其他应付款”和“专项应付款”科目
新制度也设置了“预提费用”科目，核算内容与原制度相同。调帐时，可将“预提费用”科目余额直接转帐或沿用旧帐。
新制度将原制度“医疗预收款”科目改为“预收医疗款”科目。调帐时，应将“医疗预收款”科目余额转入“预收医疗款”科目。
新制度也设置了“其他应付款”科目，但核算内容较原制度有所减少，应付工资等不在该科目核算，而是在“应付工资”等科目核算。
新制度没有设置“专项应付款”科目，但设置了“应付帐款”和“长期应付款”科目。调帐时，应将“专项应付款”科目余额中应付帐款部分转入“应付帐款”科目；将长期应付款部分转入“长期应付款”科目。
２１、“结转病人欠费”科目
新制度没有设置“结转病人欠费”科目。调帐时，应将“结转病人欠费”科目余额转入“事业基金”科目。
２２、“专用基金”科目
新制度也设置了“专用基金”科目，核算内容较原制度有所减少，取消了事业发展基金、职工奖励基金等内容。调帐时，应将“专用基金”科目中“一般修购基金”、“大型设备更新维护基金”明细科目余额合并转入“专用基金－修购基金”科目；将“福利基金”、“职工奖励基金”、“业务医疗服务收入提成”明细科目余额合并转入“专用基金－福利基金”科目；将“事业发展基金”、“院长基金”明细科目余额合并转入“事业基金”科目。
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