３、查出截留、侵占、隐瞒中央财政收入或上一级财政收入问题，除按照预算级次全额追缴入库外，并报财政部或上一级财政部门审核处理。
４、查出违反发票管理规定问题，按照《
中华人民共和国发票管理办法》的规定，除追缴其全部非法所得外，还要给予处罚。对伪造、盗用、倒卖、涂改、转让、虚开代开增值税专用发票的，要从重处罚。
５、查出隐瞒、截留、侵占应上缴财政的非税收性收入问题，按照《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》，除如数追缴收入外，还要给予处罚。
６、查出违反财政法规，隐瞒、转移、减少国家资本金等问题，除按规定调整帐务外，还要处以相当于违纪数额２０％以下的罚款。
７、查出私设“小金库”问题，一律按照１９９５年清查“小金库”的有关政策规定进行处理。
８、查出亏损企业骗取财政补贴、虚报亏损问题，必须按规定调整帐务、如数扣减其财政补贴，并给予处罚。
９、查出全额或差额预算管理的行政事业单位违反财经法纪问题，应收缴其违纪金额，由单位用经费包干结余或自有资金补缴财政。
１０、查出价格违法违纪问题，由价格监督检查机构按有关法规进行处理。
１１、查出隐瞒、虚报国有资产方面的问题，由国有资产管理部门或清产核资部门按有关法规进行处理。
各级大检查办公室依照上述规定处理各种违反财经法纪问题时，可视其初犯或重犯、有意或无意以及违纪情节轻重和违纪金额大小等不同情况，在国家现行法律法规规定的罚款幅度内，酌情从轻或从重处罚。
（三）大检查查出的各类违反财经法纪问题，应按照现行财务会计法规进行帐务调整。被查单位缴纳的罚款、滞纳金等，一律不得抵减应纳税所得额。对应由违纪责任人交付的罚款，一律由受罚人支付。
（四）各级大检查办公室对大检查中重点查出的各类违反财经法纪问题，要向被查单位发出《检查结论和处理决定》。对各级大检查办公室发出的《检查结论和处理决定》，被查单位必须遵照执行。如有异议，应在接到《检查结论和处理决定》之日起１５日内，报告大检查办公室重新研究处理意见，也可按财政部门的复议程序申请复议。重新研究或复议期间，原《检查结论和处理决定》应予执行。
（五）大检查查出的各种应缴违法违纪款项，必须按照分税制财政体制，分别缴入中央财政或地方财政，不得“混库”，不得以任何借口少缴或不缴。自查出来的各种应缴违纪款项，应当月调帐，并按规定及时补缴入库；被查出来的各种应缴违法违纪款项，在接到大检查处理决定后１５日内，必须全额缴入国库，个别单位资金确有困难，一时难以缴清的，必须订出缴款计划，在报经作出处理决定的检查机关核实批准后，分期分批缴清。如有拒不缴库的，可通知银行依法划拨扣缴。各级银行对汇缴的违纪款项不得占压。
