第二十四条 业务主管司、财政监督司和专员办对查出的违反中央财政支出资金管理使用规定的问题，依照现行法律法规的规定进行处理、处罚。
业务主管司自行或会同财政监督司组织查出的问题，由业务主管司处理、处罚；处理、处罚决定会签财政监督司，抄送条法司。其中属于听证范围的处罚决定，应当会签条法司。
财政监督司单独组织查出的问题，由财政监督司处理、处罚；处理、处罚决定会签业务主管司，抄送条法司。其中属于听证范围的处罚决定，应当会签条法司。
专员办就地检查并下发的处理、处罚决定，抄送业务主管司、财政监督司。
业务主管司、财政监督司和专员办必须跟踪处理、处罚决定的执行，对拒不执行处理、处罚决定的，要及时向部领导报告，并提出处理意见。
第二十五条 对违反中央财政支出资金管理使用规定的问题，涉及需要追究责任人员党纪政纪或刑事责任的，应当制作正式文书并附查证资料移送有权处理部门予以处理，并要求有关部门将处理情况予以反馈。具体按《财政部、审计署、监察部、最高人民检察院关于
严肃追究扰乱财经秩序违法违纪人员责任的通知》（财监字〔１９９８〕４号）的规定执行。涉及取消会计人员从业资格的，交由会计司处理；涉及追究注册会计师责任的，交由中国注册会计师协定处理。
对严重违反中央财政支出资金管理使用规定的问题，在查证核实并依法处理的基础上，经部领导批准可以通报或通过新闻媒介公开曝光。
第二十六条 中央财政支出资金监督检查处理、处罚的听证、行政复议、行政诉讼等事项，由条法司负责或牵头办理，业务主管司、财政监督司应当积极配合。
第五章 责任
第二十七条 业务主管司、财政监督司和专员办，应当建立中央财政支出资金监督责任制，主要负责人对本单位履行监督职责负总责，并定期向部领导报告日常监督或专项检查情况。
第二十八条 业务主管司、财政监督司和专员办工作人员，在中央财政支出资金监督中坚持原则，忠于职守，严格执法，勤政廉洁，符合《
国家公务员暂行条例》第二十八规定的，应当予以奖励。
